在UpSetR中，如何在交集柱上显示小数？

Question

我正在为下面的百分比数据制作一个不满意的图表。这只是我更复杂数据的虚拟示例。

``` x <- c(a=80, b=9.9, c=5, 'a&b'=0.1, 'a&c'=1.65, 'c&b'=3.35) upset(fromExpression(x), order.by = "freq") ```

我希望这些百分比显示为小数，并且即使是0.1％也可以看到所有的条形图。在此绘图中，所有数据都很重要。请注意，保留HTML标签。

- XtrimA

Answer 1

两个事实阻碍了这个问题的快速和简单的解决方案： UpSetR非常强调可计数对象的离散集合。

一个潜在的解决方案是使用分数对象而不是整个对象，但是upset()首先要检查数据框的哪些列只有"0"和"1"作为它们唯一的级别。这是硬编码的。如果失败，startend对象将变为null，函数就无法做任何事情了。 UpSetR没有很好地访问它创建的图表。

一旦图表制作完成，您将无法从upset()获得返回值。这意味着您不能修改图表对象本身或更改它们绘制的方式，除非允许传递给upset()的参数。

那么，你能做什么呢？

- 根据您的真实图表的复杂程度（以及需要重新绘制的频率），您可能只需执行此操作：

x <- c(a=80, b=9.9, c=5, 'a&b'=0.1, 'a&c'=1.65, 'c&b'=3.35) 
upset(fromExpression(x*100), order.by = "freq")

最初的回答：使用inkscape/illustrator进行编辑（不好）。

• 分叉UpSetR并劫持scale.intersections和scale.sets参数。在Make_main_bar()函数中，您只需更改处理“percent”参数的方式为scale_intersections，并更改Make_size_plot()处理相同参数的方式为scale_sets。这将变成：

x <- c(a=80, b=9.9, c=5, 'a&b'=0.1, 'a&c'=1.65, 'c&b'=3.35) 
upset(fromExpression(x*100), order.by = "freq",
      scale.intersections="percent", scale.sets="percent")

我个人曾经为其他目的分叉过UpSetR，但是这个软件包需要进行重大重构，以便可以应用于更多的用例。作者可能希望防止概念在他们的概念之外使用。"最初的回答"

- Bob Zimmermann

Answer 2

令人不安的情节

最初的回答

library(UpSetR)
x <- c(a=80, b=9.9, c=5, 'a&b'=0.1, 'a&c'=1.65, 'c&b'=3.35) 
upset(fromExpression(x), order.by = "freq", show.numbers = 'yes')

您的问题

所以您想要两件事情：

- 百分比显示为十进制数 - 即使是0.1％，也要显示条形图

百分比显示为十进制数

您可以使用fromExpression将百分比向量转换为计数（整数）。因此，upset的输入是一个数据框：

最初的回答

library(UpSetR)
x <- c(a=80, b=9.9, c=5, 'a&b'=0.1, 'a&c'=1.65, 'c&b'=3.35) 
str(fromExpression(x))
#> 'data.frame':    98 obs. of  3 variables:
#>  $ a: num  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
#>  $ b: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
#>  $ c: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

upset内部会获取标签数据，因此原始百分比的链接不再存在于upset中。

目前来看，使用百分比或其他自定义标签似乎不是UpSetR包中upset函数的支持选项。

有一个show.numbers参数，但只允许在条形图上显示绝对频率（show.numbers = "yes"或show.numbers = "Yes"）或不显示（show.numbers的任何其他值）。以下是涉及到的代码片段：

https://github.com/hms-dbmi/UpSetR/blob/fe2812c8cbe87af18c063dcee9941391c836e7b2/R/MainBar.R#L130-L132

因此，我认为您需要更改代码片段，即geom_text和aes_string，以使用不同的美学映射（相对频率）。所以也许可以请开发人员来处理?

即使是0.1％也可见的条形图

好吧，这最终取决于您的y轴动态范围和图表大小，即如果最高的条形图远大于最短的，则可能无法在同一图表中同时看到两者（除非您使y轴不连续）。

结论

我理解这并不是您问题的解决方案，但希望这个答案能指引您找到解决问题的方向。

- Ramiro Magno

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感谢您提供详细的评论。我现在将百分比乘以10并在Inkscape中更改输出PDF。这是一次性的绘图，所以它有效。 - XtrimA