无法在Fish-shell中使用conda运行source activate

Question

我遵循conda_PR_545，conda issues 4221，但在Ubuntu上仍然无法正常工作。

从这里下载conda.fish，并将其移动到anaconda3/bin/中。

在~/.config/fish/config.fish末尾添加"source /home/phejimlin/anaconda3/bin/conda.fish"。

conda activate spark_env
Traceback (most recent call last):
File "/home/phejimlin/anaconda3/bin/conda", line 6, in 
sys.exit(conda.cli.main())
File "/home/phejimlin/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/conda/cli/main.py", line 161, in main
raise CommandNotFoundError(argv1, message)
TypeError: init() takes 2 positional arguments but 3 were given

或者

activate spark_env
Error: activate must be sourced. Run 'source activate envname'
instead of 'activate envname'.

我错过了什么吗？

- Jim

Answer 1

截至fish 2.6.0和conda 4.3.27版本：以下步骤可能会因问题的解决而改变

更新配置

记下你的conda位置

conda info --root
/Users/mstreeter/anaconda    # this is my <PATH_TO_ROOT>

在~/.config/fish/config.fish中添加行。

 source <PATH_TO_ROOT>/etc/fish/conf.d/conda.fish

更新规则

通常，您会从 bash 中运行以下命令：

source activate <environment>
source deactivate <environment>

现在你必须从 fish 中运行以下命令

conda activate <environment>
conda deactivate <environment>

问题

这样做后，我无法将fish设置为我的默认shell，并且仍然能够与conda正常工作。目前，我必须先进入我的默认shell，然后输入fish，shell才能按预期工作。如果我找到了在每次登录终端时无需显式选择fish的完全工作方法，我会更新这个问题。

- Marc

---

我刚刚尝试了一下，将fish设置为我的默认shell没有任何问题。创建一个新的shell会话后，我的默认conda环境被正确激活并显示出来。 - K.-Michael Aye

这对我有用，但不完全：在我激活conda环境后，它仍然指向我的系统Python而不是conda环境的Python。有什么想法如何解决这个问题吗？ - jjs

更新：已在https://dev59.com/aLPma4cB1Zd3GeqPkAlZ中回答。 - jjs

太好了！只需要更新配置即可。 - Adam Erickson

Answer 2

如果您遵循https://github.com/conda/conda/issues/2611，步骤如下（从开始）：

[root@6903a8d80f9b ~]# fish
root@6903a8d80f9b ~# echo $FISH_VERSION 
2.4.0
root@6903a8d80f9b ~# bash Miniconda2-4.3.11-Linux-x86_64.sh -b -p /conda
root@6903a8d80f9b ~# source /conda/etc/fish/conf.d/conda.fish
root@6903a8d80f9b ~# conda activate root
root@6903a8d80f9b ~# conda create -yn fishtest                              (root) 
Fetching package metadata .........
Solving package specifications: 
Package plan for installation in environment /conda/envs/fishtest:

#
# To activate this environment, use:
# > source activate fishtest
#
# To deactivate this environment, use:
# > source deactivate fishtest
#

root@6903a8d80f9b ~# conda activate fishtest                                (root) 
root@6903a8d80f9b ~#                                                    (fishtest) 
root@6903a8d80f9b ~# conda deactivate fishtest                          (fishtest) 

- Nehal J Wani

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哇！太神奇了，它正在工作！我只是在我的config.fish中添加了“source（conda info --root）/etc/fish/conf.d/conda.fish”，它就能够运行了！非常感谢，我几乎花了一整天的时间来设置环境。 - Jim

我的答案基本上和你的答案一样，Nehal。不过在你的答案中，细节似乎被埋没了，所以我按照我的水平写了我的答案。 - Marc

我唯一的问题是，你为什么要以root身份工作。 ;) - K.-Michael Aye

对于SO的答案，我只需生成一个新容器，通常我是其中的root :) - Nehal J Wani

Answer 3

自conda 4.4.0版本以后，不建议将conda的bin目录添加到PATH中。 https://github.com/conda/conda/blob/master/CHANGELOG.md#440-2017-12-20

你只需要将以下代码 source <path-to-anaconda>/etc/fish/conf.d/conda.fish 添加到config.fish即可。

- Bhoomtawath Plinsut

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自Conda v4.6.0以来，你只需要运行conda init即可，它将为你调整config.fish。 - merv