我有一个类似于d
的数据框,如下所示。
d <- structure(list(ID = c("KP1009", "GP3040", "KP1757", "GP2243",
"KP682", "KP1789", "KP1933", "KP1662", "KP1718", "GP3339", "GP4007",
"GP3398", "GP6720", "KP808", "KP1154", "KP748", "GP4263", "GP1132",
"GP5881", "GP6291", "KP1004", "KP1998", "GP4123", "GP5930", "KP1070",
"KP905", "KP579", "KP1100", "KP587", "GP913", "GP4864", "KP1513",
"GP5979", "KP730", "KP1412", "KP615", "KP1315", "KP993", "GP1521",
"KP1034", "KP651", "GP2876", "GP4715", "GP5056", "GP555", "GP408",
"GP4217", "GP641"),
Type = c("B", "A", "B", "A", "B", "B", "B",
"B", "B", "A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "A", "A", "A", "A",
"B", "B", "A", "A", "B", "B", "B", "B", "B", "A", "A", "B", "A",
"B", "B", "B", "B", "B", "A", "B", "B", "A", "A", "A", "A", "A",
"A", "A"),
Set = c(15L, 1L, 10L, 21L, 5L, 9L, 12L, 15L, 16L,
19L, 22L, 3L, 12L, 22L, 15L, 25L, 10L, 25L, 12L, 3L, 10L, 8L,
8L, 20L, 20L, 19L, 25L, 15L, 6L, 21L, 9L, 5L, 24L, 9L, 20L, 5L,
2L, 2L, 11L, 9L, 16L, 10L, 21L, 4L, 1L, 8L, 5L, 11L), Loc = c(3L,
2L, 3L, 1L, 3L, 3L, 3L, 1L, 2L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 3L,
2L, 2L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 1L, 3L, 3L, 3L, 2L, 3L, 1L, 3L, 3L,
1L, 3L, 2L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 3L, 3L)),
.Names = c("ID", "Type", "Set", "Loc"), class = "data.frame",
row.names = c(NA, -48L))
我正在尝试将数据框中的集合 (d$Sets
) 可视化为网络图。
sets <- unique(d$Set[duplicated(d$Set)])
rel <- vector("list", length(sets))
for (i in 1:length(sets)) {
rel[[i]] <- as.data.frame(t(combn(subset(d, d$Set ==sets[i])$ID, 2)))
}
library(data.table)
rel <- rbindlist(rel)
library(igraph)
g <- graph.data.frame(rel, directed=F, vertices=d)
V(g)$color = ifelse(V(g)$Type == "A", "red", "green")
layout <- layout.fruchterman.reingold(g, niter = 500)
plot.igraph(g, vertex.size=8,
vertex.label.cex=0.9, layout = layout)
我根据V(g)$Type
的d$Type
对节点进行了着色。
现在,在最终的图中,所有类型的集合都汇聚在一起。我想将成员类型相同的集合绘制为单独的组,这样最终就会有三组集合。
- 成员为A类型的集合
- 成员为B类型的集合
- 成员为A和B类型的集合
类似于这样
如何使用igraph
包实现此类聚类?
layout
的地方,这可能是layout.fruchterman.reingold
,并带有一些非默认参数。另外,你似乎已经以某种方式绘制了聚类图,你用什么工具制作了最终的图像? - hrbrmstrlayout.fruchterman.reingold
。我已经更新了代码。 - Cropsigraph
生成的。这正是我最终想要的结果。因此,我通过图像编辑软件编辑第一张图片来澄清所需的结果,并创建了最终的图片。 - Cropspar(mfcol=c(nrows=1, ncols=3))
将三个单独的图形并排绘制出来? - hrbrmstr