使用R中的sqldf时无法连接到数据库

Question

我将一个csv文件加载到了R中，当我尝试使用sqldf选择某些列时，它总是失败了。

Error in .local(drv, ...) : 
  Failed to connect to database: Error: Access denied for user 
  'User'@'localhost' (using password: NO)
Error in !dbPreExists : invalid argument type

我不知道如何修复它。

以下是我的脚本：

library("RMySQL")
library(sqldf)
acs<-read.csv("getdata_data_ss06pid.csv",head = T)
sqldf("select pwgtp1 from acs where AGEP < 50")

- victordongy

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你能在问题中添加 head(acs) 的输出吗？为什么你需要使用 "RMySQL"？ - Bulat

请查看 ?sqldf，并阅读关于 dbname 参数、drv 参数以及参考文献部分上面的第二段开始于“在MySQL上...”的描述。 - G. Grothendieck

Answer 1

使用sqldf时似乎不需要加载RMySQL库，因为您已经将数据读入内存，这似乎是问题所在：

library(RMySQL)
library(sqldf)
sqldf("select * from df limit 6")

Error in .local(drv, ...) : 连接数据库失败：错误：无法通过套接字'/tmp/mysql.sock'（2）连接到本地MySQL服务器 Error in !dbPreExists : 无效的参数类型

但是如果卸载RMySQL库，sqldf可以正常工作：

detach("package:RMySQL", unload=TRUE)
sqldf("select * from df limit 6")
#   time  type
# 1    1 type1
# 2    2 type1
# 3    3 type2
# 4    4 type1
# 5    5 type2
# 6    6 type1

- Psidom

Answer 2

简而言之:

在调用sqldf函数之前，不要卸载RMySql包，而是显式地将sqldf默认驱动程序选项设置为SQLite：

options(sqldf.driver = "SQLite")
sqldf("select * from df limit 6")

解释

如果没有明确指定，sqldf 包将按照以下方式决定使用哪个数据库驱动程序：

如果未指定，则会检查 "dbDriver" 选项，如果未设置，则 sqldf 按顺序检查是否已加载 RPostgreSQL、RMySQL 或 RH2，并使用找到的第一个相应的驱动程序。如果没有加载任何驱动程序，则使用 "SQLite"。dbname=NULL 会使用默认值。

在您的情况下，RMySql 已经被加载，sqldf 将尝试使用 MySQL 数据库并写入名为 test 的模式。分离和卸载 RMySQL 包是一种选择，但不是必需的。正如 @GaborGrothendieck 在他的评论中提到的，最简单的修复方法是直接告诉 sqldf 明确使用哪个 DB 驱动程序，即：

sqldf("select * from df limit 6", drv="SQLite")

为了不必每次都添加 drv="SQLite"，您可以永久设置会话的默认驱动程序为 SQLite：

options(sqldf.driver = "SQLite")

- Mark Heckmann

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这似乎是最佳选择，特别是对于更大或更复杂的脚本，您可能还需要 RMySQL 或其他 DB 驱动程序。 - NilsH