h5py清除文件一致性标志

Question

h5py清除文件一致性标志

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我进行了一些研究，并使用h5py模块将结果存储在HDF5文件中。我多次使用h5py模块和来自HDF5组的HDF查看工具打开并读取数据，这一切都很正常，直到有一天我的电脑在HDF视图中打开文件时崩溃了。

重新启动计算机后，我无法再打开文件。 HDF查看工具显示一个普通错误：“无法打开文件”

我用h5py编写了该文件，因此我决定尝试使用它来读取数据。该文件以libver ='latest'的swmr模式编写。我尝试了以下方法：

with h5py.File(fpath, 'r', swmr=True, libver='latest') as f:
    pass

返回错误信息 "OSError: 无法打开文件（文件尚未为 SWMR 写入而打开）"。

with h5py.File(fpath, 'r') as f:
    pass

返回一个错误 "OSError: 无法打开文件（文件已经以写入模式打开（可以使用h5clear文件来清除文件一致性标志））"

现在我想知道，h5py模块是否已经实现了h5clear选项？我在任何地方都找不到关于这个的信息。

编辑：删除了文件（抱歉）

- Alex

关于h5clear选项，请询问开发人员是否已经实现。h5py用户论坛位于：https://groups.google.com/forum/#!forum/h5py - kcw78

确实，您的文件可能已经损坏了。您尝试过使用批处理程序来读取它吗（例如HDFGroup的h5dump或随PyTables模块提供的ptdump）？ - kcw78

感谢回复，我在HDF论坛上发布了一个帖子，链接为https://groups.google.com/forum/#!topic/h5py/zcyB2tNQ6Eo - Alex

感谢您的建议。我目前正在尝试弄清楚如何在Visual Studio中使用HDF工具，因为我的编程经验目前不幸仅限于Python。 - Alex

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未找到 h5clear 命令。我已经安装了 hdf5 1.10.0-patch1。其他命令行工具如 h5dump、h5repack 都可以正常使用。是否有任何方法可以使用现有的工具清除或重置标志？（顺便说一下，我使用的是 Ubuntu Bionic Beaver 操作系统） - hridayns

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1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Steven C. Howell · Accepted Answer

如果你有一个hdf5文件，出现了错误 无法打开文件（文件已经以写入/ SWMR写入方式打开），但是你没有重新创建该文件的方法，你可以使用命令行工具h5clear清除文件一致性标志。

$> h5clear -s my_bad.h5

获取 h5clear 工具的一种方法（在 Windows 10 或任何其他操作系统上）是使用 Anaconda Python 发行版安装 h5py（或 pandas，不确定哪个负责）。在我的系统上，可执行文件位于环境 bin 目录中：anaconda3/envs/my_env/Library/bin/h5clear。我认为您也可以通过从 pip 安装 h5py 来获得此实用程序，不过我没有测试过。

如果您已经安装了 Anaconda，则可以创建一个环境，安装软件包，然后使用以下命令从命令行运行 h5clear。在 Windows 上，我使用 git-bash，但如果正确设置了路径，则这也应该适用于 Anaconda 提示符甚至是 Windows 命令提示符。

$> conda create --name demo

$> source activate demo

(demo) 
$> conda install h5py pandas

(demo)
$> h5clear -s my_bad.h5