我有一个包含字符串列表的输入文件。
我正在迭代每四行一次,从第二行开始。
从这些行中,我将第一个和最后6个字符组成一个新字符串,并仅在该新字符串唯一时将其放入输出文件中。
我编写的代码可以实现此操作,但我正在处理非常大的深度测序文件,已经运行了一天,进展不大。因此,如果可能的话,我正在寻求任何加快速度的建议。谢谢。
我正在迭代每四行一次,从第二行开始。
从这些行中,我将第一个和最后6个字符组成一个新字符串,并仅在该新字符串唯一时将其放入输出文件中。
我编写的代码可以实现此操作,但我正在处理非常大的深度测序文件,已经运行了一天,进展不大。因此,如果可能的话,我正在寻求任何加快速度的建议。谢谢。
def method():
target = open(output_file, 'w')
with open(input_file, 'r') as f:
lineCharsList = []
for line in f:
#Make string from first and last 6 characters of a line
lineChars = line[0:6]+line[145:151]
if not (lineChars in lineCharsList):
lineCharsList.append(lineChars)
target.write(lineChars + '\n') #If string is unique, write to output file
for skip in range(3): #Used to step through four lines at a time
try:
check = line #Check for additional lines in file
next(f)
except StopIteration:
break
target.close()
with
语句中包含输出文件 -with open(input_file, 'r') as f, open(output_file, 'w') as target:
。 - wwii