我希望能够为矩阵中的所有行进行两两比较,显然双重循环可以实现,但对于大数据集来说非常昂贵。
我查看了隐式循环如
怎么才能实现呢?
我查看了隐式循环如
apply()
等,但不知道如何避免内部循环。怎么才能实现呢?
apply()
等,但不知道如何避免内部循环。outer()
遍历所有行索引对,并将向量化比较函数应用于每个行对。例如,您可以按以下方式计算所有行对之间的平方欧几里得距离:m <- matrix(1:12,4,3)
> outer(1:4,1:4, FUN = Vectorize( function(i,j) sum((m[i,]-m[j,])^2 )) )
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 0 3 12 27
[2,] 3 0 3 12
[3,] 12 3 0 3
[4,] 27 12 3 0
outer()
函数对于自比较(如1-1和2-2等,矩阵中的对角线值)工作得很好。而且outer()
函数执行1-2和2-1的比较。combn()
方法。outer()
和combn()
之间的差异。> v <- c(1,2,3,4)
> outer(v, v, function(x, y) print(paste(x, "-", y)))
[1] "1 - 1" "2 - 1" "3 - 1" "4 - 1" "1 - 2" "2 - 2" "3 - 2" "4 - 2" "1 - 3" "2 - 3" "3 - 3" "4 - 3" "1 - 4" "2 - 4" "3 - 4" "4 - 4"
> v <- c(1,2,3,4)
> allPairs <- combn(length(v), 2) # choose a pair from 1:length(v)
> a_ply(combn(length(v), 2), 2, function(x) print(paste(x[1],"--",x[2]))) # iterate over all pairs
[1] "1 -- 2"
[1] "1 -- 3"
[1] "1 -- 4"
[1] "2 -- 3"
[1] "2 -- 4"
[1] "3 -- 4"
outer(x,x,...)
,那么您可能做错了 - 您应该考虑 combn(length(x),2))
。aaply
可以用于此目的。我已经在您指定的问题的答案中提供了示例工作代码和注释,链接在这里:http://stackoverflow.com/a/26162253/451456 谢谢。 - Gopalakrishna Palem也许不像@Prasad那样通用的解决方案,但在这个平方和特殊情况下要快得多:
dist(m)^2
@Gopalkrishna Palem
我喜欢你的解决方案!不过,我认为你应该使用combn(v, 2)而不是combn(length(v), 2)。 combn(length(v), 2)只会遍历v的索引。
> v <- c(3,4,6,7)
> combn(v, 2)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 3 3 3 4 4 6
[2,] 4 6 7 6 7 7
> combn(length(v), 2)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 1 1 1 2 2 3
[2,] 2 3 4 3 4 4
> a_ply(combn(v, 2), 2, function(x) print(paste(x[1],"--",x[2])) )
[1] "3 -- 4"
[1] "3 -- 6"
[1] "3 -- 7"
[1] "4 -- 6"
[1] "4 -- 7"
[1] "6 -- 7"
> a_ply(combn(length(v), 2), 2, function(x) print(paste(x[1],"--",x[2])) )
[1] "1 -- 2"
[1] "1 -- 3"
[1] "1 -- 4"
[1] "2 -- 3"
[1] "2 -- 4"
[1] "3 -- 4"
因此,使用combn(v, 2)可以得到正确的最终结果。
然后,如果我们有一个数据框,我们可以使用索引将函数应用于成对行:
> df
x y
1 4 8
2 5 9
3 6 10
4 7 11
a_ply(combn(nrow(df), 2), 2, function(x) print(df[x[1],] - df[x[2],]))
x y
1 -1 -1
x y
1 -2 -2
x y
1 -3 -3
x y
2 -1 -1
x y
2 -2 -2
x y
3 -1 -1
然而,a_ply将会丢弃结果,那么我该如何将输出存储在向量中以供进一步分析?我不想仅仅打印结果。
aaply
或adply
代替a_ply
。 - Gopalakrishna Palem