fread (data.table)锁定文件

Question

我使用data.table包中的fread函数。当我尝试修改或删除文件（只需用记事本打开）时，Windows会提示：

如何解除此绑定？

编辑：

在R中尝试也得到相同的结果。

cat(file="C:/Users/MCarrie/Desktop/test/test2.txt")
Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : 
  cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, ifelse(append, "a", "w")) :
  cannot open file 'C:/Users/MCarrie/Desktop/test/test2.txt': Permission denied

信息:

> sessionInfo()
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252  LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252 LC_NUMERIC=C                           
[5] LC_TIME=English_United Kingdom.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] data.table_1.8.8

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.0.1

> showConnections(all=T)
  description class      mode text   isopen   can read can write
0 "stdin"     "terminal" "r"  "text" "opened" "yes"    "no"     
1 "stdout"    "terminal" "w"  "text" "opened" "no"     "yes"    
2 "stderr"    "terminal" "w"  "text" "opened" "no"     "yes"  

读取的文件:（意围意故意省略引号）

"AA",3,4,5,"w"
"ss,2,3,4,"s"
"ww",2,3,3,"s"

- nigmastar

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@JoshuaUlrich 没错，通过 W7 上的 RStudio。我拒绝提供版本号等信息，因为它们不在 OP 中，所以在共享该信息之前有点无用。另外，我想知道他们是否在同一会话中打开了另一个连接。 - Simon O'Hanlon

@SimonO101，R本身也无法看到更新。 - nigmastar

@nigmastar 请添加所需的信息。此外，如果您使用管理员权限打开R（右键单击R并以管理员身份运行），您是否看到此问题？ - Simon O'Hanlon

抱歉问题比较蠢，但是 data.table::fread 在读取完成后会执行 close 吗？ - Carl Witthoft

@GSee 哈哈，我明白了。会去看看的...(顺便说一句，我想 Stack Overflow 在每个评论中只允许有一个 <at> 标记。我没有收到 <at>MatthewDowle 的通知，我想是因为它是第二个出现的吧）。 - Matt Dowle

Answer 1

请使用 data.table v1.8.11 重试。在data.table主页上提供了新的Windows压缩包。

从NEWS中得知：

如果fread返回数据错误（例如在特定行上有不平衡的引号），它现在会首先关闭文件，而不是保持锁定状态，这是仅在Windows上出现的问题。感谢nigmastar的报告和Carl Witthoft的提示。添加了测试。

- Matt Dowle

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哇！太好了，我今天早上刚检查了1.8.9版本，但今天还在开发中。谢谢！（希望很快能在1.8.11版本中看到通过引用添加/修改/删除行的功能:-)...）无论如何，你有没有注意到上面使用的文本文件中缺少双引号？这个问题只会在这种情况下出现。 - Michele

@Michele 我注意到了双引号，但肯定不是那个问题吧？这是一个文件打开/锁定问题，当nigmastar尝试编辑文件以修复缺失的引号时发生的。在Windows上。希望v1.8.10可以解决这个问题。 - Matt Dowle

@nigmastar 看看新答案。请确认是否解决了问题。谢谢。 - Matt Dowle

@MattDowle 你好，我正在使用 v1.10.4 版本，在 Windows 上出现了文件锁定问题。这一行在某个地方有额外的分隔符（\t）。预期有5列，但处理完所有列后第18087行包含文本。 - bezout

@bezout 最近在 fread 上有很多工作，Windows 上的表现也更好了。请尝试使用来自开发者的 Windows 二进制 .zip（无需编译工具）。 - Matt Dowle

@bezout 这是开发中的第四个错误修复，可以在新闻页面上找到：fread()在大样本外的某一行有太多字段并生成错误时，不再对文件保持打开锁定，＃2044。感谢Hugh Parsonage的报告。 - Matt Dowle