这里是我试图完成的最小示例。我正在计算堆叠数组中矩阵之间的成对距离。
当我删除
尝试编译这个文件时,每次给
idx
数组保存每个子矩阵的偏移量。当我删除
parallel()
并将 prange
替换为 range
时,代码按预期工作(当然不是并行的)。import numpy as np
cimport numpy as np
cimport cython
from cython.parallel import parallel, prange
@cython.boundscheck(False)
@cython.wraparound(False)
@cython.nonecheck(False)
def all_pairs_distance(float[:,::1] stacked, int[::1] idx):
cdef int n = idx.shape[0] - 1
cdef float[:,::1] D = np.zeros((n,n), dtype='float32')
cdef int i,j
cdef float[:,::1] t1,t2
cdef float d
with nogil, parallel():
for i in prange(n):
t1 = stacked[idx[i]:idx[i+1],:]
for j in range(i+1, n):
t2 = stacked[idx[j]:idx[j+1],:]
d = nogil_cython_function(t1, t2)
D[i,j] = d
D[j,i] = d
return D
cdef float nogil_cython_function(float[:,::1] a, float[:,::1] b) nogil:
# Function abbreviated for simplicity
return 0.0
尝试编译这个文件时,每次给
t1
或 t2
赋值时会出现错误。Memoryview slices can only be shared in parallel sections
- 我不确定如何解决这个错误。那些赋值语句不在并行部分吗?
- 我该如何告诉编译器我的
stacked
内存视图是只读的,并且可以在线程之间共享?