R + ggplot：绘制不规则时间序列

Question

R + ggplot：绘制不规则时间序列

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我有一些与事件发生后的天数相关的数据。这些数据是不规则采样的 - 我的时间点像0、5、6、10、104天。我没有具体的日期时间信息 - 也就是说，我不知道我正在研究的事件在现实生活中何时发生。

我想使用ggplot绘制我的时间序列图。我可以使用，比如说：

p <- ggplot(data,aes(x=time,y=expression))
p <- p + geom_point()

当然，我的x轴变量是相互挨着绘制的，所以t=10和t=104之间的距离与t=5和t=6之间的距离相同。因此，我可以自己编造一些东西。

start <- ISOdate(2001, 1, 1, tz = "")
data$time <- start + data$time*60*60*12

现在我的x轴上的刻度是非常不准确的日期时间，我可以重新格式化它们吗？但是我看不到任何使格式为“从开始算起的天数”的方法。我已经在Google上搜索了相当长时间，但总觉得我可能错过了什么非常明显的东西。我错了吗？

- Mike Dewar

2个回答

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看起来你的time变量是一个因子或者可能是一个字符向量，而不是一个数值！如果你执行data$time <- as.numeric(data$time)，它很可能会解决你的问题。

ggplot在使用正确类型的数据时表现得非常好。（不幸的是，在R中通常导入数据的程序没有那么智能...）

- Harlan

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应该使用 as.numeric(as.character(data$time)) 或者 as.numeric(levels(data$time)[data$time])。帮助页面显示第二种方法效率略高。 - JoFrhwld

如果它是一个因子，则正确。如果它已经是一个字符向量，可以给出类似的结果，则不需要进行内部转换。 - Harlan

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糟糕。你是对的！这是一个该死的因素！我花了太长时间学习 as.numeric(levels(data$time)[data$time]) 这个惯用语（并在 Twitter 上抱怨），但完全忘记将其应用于我的数据。谢谢 Harlan！ - Mike Dewar

我曾经遇到过类似的问题，将时间转换为数字后，绘图显示的是415这样的数字，而不是6:45或其他时间。有没有办法让坐标轴将值重新转换回时间/日期？ - Jared

@MikeDewar：options(stringsAsFactors=FALSE)让我少了很多咒骂。我也在我的代码中加入了它，例如 read.csv(... , stringsAsFactors=FALSE)，以确保不会出错。 - Jason

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- Shane · Accepted Answer

不确定这是否是您正在寻找的内容（请参见此相关问题）。您可以使用scale_x函数重新格式化轴并处理不规则性。例如：

p <- qplot(1:3, 1:3, geom='line') 
p + scale_x_continuous("", breaks=1:3, 
        labels = as.Date(c("2010-06-03", "2010-06-04", "2010-06-07")))

顺便说一下，这是我为绘制多元zoo对象创建的函数：

qplot.zoo <- function(x) {
  if(!inherits(x, "zoo")) stop("x must be a zoo object")
  x.df <- data.frame(dates=index(x), coredata(x))
  x.df <- melt(x.df, id="dates", variable="value")
  ggplot(x.df, aes(x=dates, y=value, group=value, colour=value)) + geom_line() + opts(legend.position = "none")
}