没有可见的全局函数定义'中位数'。

Question

自从最新的R更新之后，我收到了如下提示：

summary.xmlImport：在CRAN检查中没有可见的全局函数定义“median”

其他注意事项涉及R中的read.table、write.table和其他标准函数。

当我查看我的文件summary.xmlImport时，文件内容如下：

summary.xmlImport <- function(object, ...){

   rowCount <- sapply(object,nrow)
   cat("Summary of xmlImport object\n")
   cat("---------------------------\n")
   cat("Sequences    :",length(object),"\n")
   cat("Min hits     :",min(rowCount),"\n")
   cat("Average hits :",mean(rowCount),"\n")
   cat("Median hits  :",median(rowCount),"\n")
   cat("Max hits     :",max(rowCount),"\n")
   invisible(object)

} 

我不明白为什么现在应该将 median 函数添加到 NAMESPACE，而不是 min、mean 等等。这个提示只涉及 median 函数。

有人知道为什么会出现这个提示以及如何解决吗？我注意到目前有很多 R 包都有同样的提示。

我可以理解在非声明变量的情况下出现这个警告，但是我会认为 median()、read.table() 等函数在 R 中是全局可见的，特别是像 mean() 一样！？

编辑：我只在 CRAN 上收到这个提示，而在我的本地电脑上没有，这使得解决方案的搜索有点麻烦...... 我电脑的 session info:

> sessionInfo()
R version 3.2.1 (2015-06-18)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS

- Daniel Fischer

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不确定是否相关，但是函数length、mean、min和max来自于base包，而函数median则来自于stats包。 - user3710546

谢谢你的提示，我以为median也在base里面，我会尝试将stats包导入到NAMESPACE中，也许因为在R.3.2.1中只有base函数是全局可见的... - Daniel Fischer

根据Thomas的回答，情况确实如此。 - user3710546

我因同样的原因在package-devel邮件列表上发起了一次讨论。另一个建议是有选择地添加命名空间。 - Daniel

Answer 1

截至 2015年6月29日星期一，为了通过R CMD check --as-cran，所有非base函数必须在NAMESPACE中明确导出。这个变化是因为现在只有base包被附加到代码中进行检查，因此来自默认包（如stats）的函数必须明确列出。

要导入这些包，请考虑执行以下操作：

• 在DESCRIPTION中，您可能想要将它们列在Imports中。几乎没有理由在Depends中列出软件包。
• 在NAMESPACE中，您可以选择import(stats)或importFrom(stats, ...)，其中...是一个或多个逗号分隔的函数名称。(如果您使用roxygen2::roxygenize()或devtools::document()生成文档和NAMESPACE，则类似的标记将是#' @import stats和#' @importFrom stats ...。)

如果您想以模拟此方式的交互方式使用R，您需要仅附加基本软件包并启动R。 有几种方法可以做到这一点，但最简单的方法可能是在您的shell中设置环境变量：R_DEFAULT_PACKAGES=NULL或在.Renviron文件中，然后使用R --vanilla启动R。在终端或bash中，这将是：

$ export R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
$ R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv"   "Autoloads"    "package:base"

在Windows命令提示符中，它将是：

C:\>SET R_DEFAULT_PACKAGES=NULL
C:\>R --quiet --vanilla
> search()
[1] ".GlobalEnv"   "Autoloads"    "package:base"

- Thomas

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谢谢，看起来将来阅读R-Devel是值得的。 - Daniel Fischer

@DanielFischer 是的，CRAN会在R-devel上运行检查（即每日发布的R版本），因此在尝试提交之前，您需要安装该R版本并通过其检查运行您的软件包。它们可能会每天更改而没有通知。 - Thomas

如果我使用roxygen，那么在Imports中应该包含stats和so，而对于任何使用stats功能的函数，则应在其上方加上@import stats。 - Tom Wenseleers

相关问题是如何设置我的RStudio默认仅附加基本包，以便我可以模拟它们现在在CRAN上进行的测试？因为我在这里通过了R CMD check --as-cran，但在CRAN上没有通过... - Tom Wenseleers

@TomWenseleers 我对roxygen一无所知，因为我不使用它。关于检查，只需确保您在最新的R-devel上运行所有内容（即每日构建版本），而不是最新的R发行版。这可能是您获得不同结果的原因。 - Thomas