互补DNA序列

Question

我在编写这个循环时遇到了问题，它似乎在第二个序列后停止了。

我想返回给定DNA序列的互补DNA序列。

例如('AGATTC') -> ('TCTAAG')，其中A:T和C:G。

def get_complementary_sequence(dna):
    """(str) -> str

> Return the DNA sequence that is complementary to the given DNA sequence

    >>> get_complementary_sequence('AT')
    ('TA')
    >>> get_complementary_sequence('AGATTC')
    ('TCTAAG')

    """

    x = 0
    complementary_sequence = ''

    for char in dna:
            complementary_sequence = (get_complement(dna))

    return complementary_sequence + (dna[x:x+1])

有人能发现循环为什么没有继续吗？

- user2773611

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get_complement做什么？ - Kevin

get_complement函数生成互补碱基对，例如：'A':'T'。 - user2773611

Answer 1

这是我会如何处理它的一个例子 - 实际上只需要几行代码：

from string import maketrans

DNA="CCAGCTTATCGGGGTACCTAAATACAGAGATAT" #example DNA fragment

def complement(sequence):
  reverse = sequence[::-1]
  return reverse.translate(maketrans('ATCG','TAGC'))

print complement(DNA)

- Stefan Gruenwald

Answer 2

您需要对所有的dna调用get_complement而不是每个char。这将仅使用相同的参数多次调用相同的函数len(dna)次。如果您从未使用它们，则无需循环遍历chars。如果get_complement()可以接受一个字符，我建议：

for char in dna:
    complementary_sequence += get_complement(char)

实现get_complement函数，该函数接收一个字符并返回其对应的补充字符。另外，你正在返回"complementary_sequence + (dna[x:x+1])"。如果你希望该函数符合你所记录的行为，则"+ (dna[x:x+1])"将从"dna"字符串的开始添加一个额外（错误）的字符。你只需要返回"complementary_sequence"即可！感谢@Kevin的提醒。

>>> dna = "1234"
>>> for char in dna:
...     print dna
... 
1234
1234
1234
1234

我认为更接近你想要做的是：

>>> for char in dna:
...     print char
... 
1
2
3
4

将所有内容结合起来：

# you could also use a list comprehension, with a join() call, but
# this is closer to your original implementation.
def get_complementary_sequence(seq):
    complement = ''
    for char in seq:
        complement += get_complement(char)
    return complement

def get_complement(base):
    complements = {'A':'T', 'T':'A', 'C':'G', 'G':'C'}
    return complements[base]

>>> get_complementary_sequence('AT')
'TA'
>>> get_complementary_sequence('AGATTC')
'TCTAAG'

- vroomfondel

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@user2773611 这确实会打印出补码字符串。 - vroomfondel

刚刚尝试了上面的代码，它只输出了：get_complementary_sequence('AGATTC') 返回 'T'。 - user2773611

@user2773611，我认为你误解了我的解释。我已经编辑过了，给你一个完整的、可工作的版本。也许我对get_complement应该做什么有误解。 - vroomfondel

你的 get_complement 函数很好用，只是当我运行 get_complementary_sequence('AGATTC') 时，返回了 ('T')。 - user2773611

@user2773611 你使用的是我实现的完全一样的代码吗？它是有效的，正如你可以从测试用例中看到的那样。你确定循环缩进正确吗？如果不正确，它可能会运行一次，你会看到这种行为。 - vroomfondel

非常感谢你的帮助，我在这方面错了。现在一切都正常了，谢谢！ - user2773611

Answer 3

出了什么问题？

你正在调用：

complementary_sequence = (get_complement(dna))

...n次，其中n是字符串的长度。这样你就得到了get_complement(dna)在complementary_sequence中的返回值，大概只有一个字符。

接下来，你需要返回这个字符（complementary_sequence）后面跟着dna[0:1]子串（也就是dna中的第一个字母），因为x始终是0。

这就是为什么你总是会得到两个字符的返回值。

如何修复它？

假设你有一个像下面这样的函数：

def get_complement(d):
    return {'T': 'A', 'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C'}.get(d, d)

如果您想修复函数，只需使用str.join()和列表推导式：

def get_complementary_sequence(dna):
    """(str) -> str

> Return the DNA sequence that is complementary to the given DNA sequence

    >>> get_complementary_sequence('AT')
    ('TA')
    >>> get_complementary_sequence('AGATTC')
    ('TCTAAG')

    """

    return ''.join([get_complement(c) for c in dna])

- johnsyweb