什么是一个与RStudio的"Knit HTML"功能相当的命令行工具？

Question

有没有类似于RStudio的Knit HTML的简洁命令行等效方式？给定一个.Rmd文件，你可以使用RStudio来用Knitr编织.html、.docx和.pdf文件。将这个过程完全转移到命令行上会很不错。到目前为止，我采取的方法是：

Rscript -e "library(knitr); knit('test.Rmd')"  # This creates test.md
pandoc test.md >> test.html

这个方法很好用，但生成的test.html没有像在RStudio中那样漂亮的外观。有没有建议如何最好地通过命令行编织.Rmd文件到.html，并获得漂亮的.html呢？

额外问题：哪种命令行解决方案对于.pdf或.docx格式最好？

- elke

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请点击这里来查看RStudio在底层做了什么来生成他们"漂亮"的HTML输出。 - hrbrmstr

Rscript -e 'library(rmarkdown); rmarkdown::render("[path]/test.Rmd", "html_document")' - mikey

Answer 1

rmarkdown::render("test.Rmd", "html_document")

- George Dontas

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太好了，这很有效！完整的命令行命令是：Rscript -e 'library(rmarkdown); rmarkdown::render("/path/to/test.Rmd", "html_document")'。 - elke

基于@elke的精彩评论，使用默认输出格式并删除库调用（与::冗余）的更短的shell命令为：Rscript -e "rmarkdown::render('test.Rmd')". - Paul Rougieux

当单击RStudio图标时，页面会打开（或在我的情况下是PDF）。是否可以在命令行中指定在编织后打开PDF？ - ECII

Answer 2

我的简化版命令行脚本，类似于Tyler R.的:

在您的.profile或类似文件中添加:

function knit() {
    R -e "rmarkdown::render('$1')"
}

然后，在命令行中输入knit file.Rmd

编辑：有关良好的自动完成，请参见评论

我在Rmd标头中设置了输出格式：output: github_document或类似

- Paul

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这很简单高效。将Tab键补全限制为.Rmd文件也很有用，可以节省一些打字时间。 - VFreguglia

是的，期待未来的读者能够添加这个自动完成功能！ - Paul

我使用bash，所以我将东西添加到了我的.bashrc文件中，而不是.profile文件。我添加了complete -f -X '!*.Rmd' knit。可以参考这个例子：https://github.com/Freguglia/dotfiles/blob/d0be8c1b4f68af0605bac438c31ec98792e4aa0f/.bashrc#L97 - VFreguglia

Answer 3

在采纳答案的基础上，我起草了一个名为“knitter”的bash脚本，将完成所有必需的操作，用户只需要输入：./knitter file.Rmd file.html或./knitter file.Rmd file.pdf。

以下是脚本内容：

#!/bin/sh

### Test usage; if incorrect, output correct usage and exit
if [ "$#" -gt 2  -o  "$#" -lt 2 ]; then
    echo "********************************************************************"
    echo "*                        Knitter version 1.0                       *"
    echo "********************************************************************"
    echo -e "The 'knitter' script converts Rmd files into HTML or PDFs. \n"
    echo -e "usage: knitter file.Rmd file.{pdf,html} \n"
    echo -e "Spaces in the filename or directory name may cause failure. \n"
    exit
fi
# Stem and extension of file
extension1=`echo $1 | cut -f2 -d.`
extension2=`echo $2 | cut -f2 -d.`

### Test if file exist
if [[ ! -r $1 ]]; then
    echo -e "\n File does not exist, or option mispecified \n"
    exit
fi

### Test file extension
if [[ $extension1 != Rmd ]]; then
    echo -e "\n Invalid input file, must be a Rmd-file \n"
    exit
fi

# Create temporary script
# Use user-defined 'TMPDIR' if possible; else, use /tmp
if [[ -n $TMPDIR ]]; then
    pathy=$TMPDIR
else
    pathy=/tmp
fi
# Tempfile for the script
tempscript=`mktemp $pathy/tempscript.XXXXXX` || exit 1

if [[ $extension2 == "pdf" ]]; then
    echo "library(rmarkdown); rmarkdown::render('"${1}"', 'pdf_document')" >> $tempscript
    Rscript $tempscript
fi
if [[ $extension2 == "html" ]]; then
    echo "library(rmarkdown); rmarkdown::render('"${1}"', 'html_document')" >> $tempscript
    Rscript $tempscript
fi

- Tyler R.

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有脚本处理这个问题的想法很棒。不幸的是，你的脚本存在一些错误（例如第二个参数是必需的，但基本上被忽略了——只有文件扩展名被考虑；脚本需要bash，但是用!/bin/sh启动等）。因此，我创建了修正版。现在第二个参数指定输出格式。 - R Kiselev

谢谢你让我保持警觉！ - Tyler R.

如果您使用@RKiselev的版本，则语法将是./knitter <input_file_with_extension> <output_file_extension_only>，例如./knitter input.Rmd pdf。 - Masoud Ghaderi

Answer 4

getwd()
setwd("C:Location of the RMD File")

# To make it in to PDF you can use the below code also
rmarkdown::render("Filname.Rmd")

# To make it in to PDF you can use the below code also
rmarkdown::render("Filename", "pdf_document")

我将以上内容输入到一个R脚本中，并从Python命令提示符触发它，解决了我的需求 :) 请注意：如果不起作用...请尝试安装LaTeX并重试...祝您好运 :)

- Naveen Kumar

Answer 5

从 Mac/Linux 终端，您可以运行：

R -e "rmarkdown::render('README.Rmd')"

（将README.Rmd替换为您想编织的任何文件）

- stevec