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如何将VTK文件读取到Python数据结构中？

pythonvtk
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我有一些VTK文件，它们看起来像这样：

# vtk DataFile Version 1.0
Line representation of vtk
ASCII
DATASET POLYDATA
POINTS 30 FLOAT
234 462 35
233 463 35
231 464 35
232 464 35
229 465 35
[...]
LINES 120 360
2 0 1
2 0 1
2 1 0
2 1 3
2 1 0
2 1 3
2 2 5
2 2 3
[...]

我希望从这些VTK文件中获取两个列表：edgesList和verticesList：

  • edgesList应包含边缘，格式为（FromVerticeIndex，ToVerticeIndex，Weight）元组
  • verticesList应包含顶点，格式为（x，y，z）元组。索引是在edgesList中提到的索引

我不知道如何使用标准的vtk-python库提取此信息。我已经做到了这一步：

import sys, vtk

filename = "/home/graphs/g000231.vtk"

reader = vtk.vtkSTLReader()
reader.SetFileName(filename)
reader.Update()

idList = vtk.vtkIdList() 

polyDataOutput = reader.GetOutput()
print polyDataOutput.GetPoints().GetData()

我的Python VTK代码可能没有意义。我更喜欢使用VTK库，而不是使用任何自己编写的代码。

这是我的自编写代码。它可以工作，但如果我能使用VTK库会更好：

import re
def readVTKtoGraph(filename):
    """ Specification of VTK-files:
        http://www.vtk.org/VTK/img/file-formats.pdf - page 4 """
    f = open(filename)
    lines = f.readlines()
    f.close()

    verticeList = []
    edgeList = []

    lineNr = 0
    pattern = re.compile('([\d]+) ([\d]+) ([\d]+)')
    while "POINTS" not in lines[lineNr]:
        lineNr += 1

    while "LINES" not in lines[lineNr]:
        lineNr += 1
        m = pattern.match(lines[lineNr])
        if m != None:
            x = float(m.group(1))
            y = float(m.group(2))
            z = float(m.group(3))
            verticeList.append((x,y,z))

    while lineNr < len(lines)-1:
        lineNr += 1
        m = pattern.match(lines[lineNr])
        nrOfPoints = m.group(1)
        vertice1 = int(m.group(2))
        vertice2 = int(m.group(3))
        gewicht = 1.0
        edgeList.append((vertice1, vertice2, gewicht))
    return (verticeList, edgeList)
2个回答
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STLreader适用于读取STL文件。如果您有一个.vtk文件并希望读取网格信息（节点、元素及其坐标），则必须使用另一个阅读器（vtkXMLReader或vtkDataReader，两者都包含结构化和非结构化网格支持）。然后使用VTK软件包中的vtk_to_numpy函数。

示例代码如下：

from vtk import *
from vtk.util.numpy_support import vtk_to_numpy

# load a vtk file as input
reader = vtk.vtkXMLUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName("my_input_data.vtk")
reader.Update()

#Grab a scalar from the vtk file
my_vtk_array = reader.GetOutput().GetPointData().GetArray("my_scalar_name")

#Get the coordinates of the nodes and the scalar values
nodes_nummpy_array = vtk_to_numpy(nodes_vtk_array)
my_numpy_array = vtk_to_numpy(my_vtk_array )

x,y,z= nodes_nummpy_array[:,0] , 
       nodes_nummpy_array[:,1] , 
       nodes_nummpy_array[:,2]
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