在R 2.14.1中，“by”参数中的错误符号是什么意思？

Question

在R 2.14.1中，“by”参数中的错误符号是什么意思？

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这是我的代码

slidingwindowplotATGC = function(windowsize, inputseq) 
{

starts = seq(1, length(inputseq)-windowsize, by = windowsize)
n = length(starts)
chunkGs = numeric(n)
chunkAs = numeric(n)
chunkTs = numeric(n)
chunkCs = numeric(n)
for (i in 1:n) { 
    chunk = windowsize[starts[i]:(starts[i]+9999)]
    chunkG = sum("g" == chunk)/length(chunk)
    chunkA = sum("a" == chunk)/length(chunk)
    chunkT = sum("t" == chunk)/length(chunk)
    chunkC = sum("c" == chunk)/length(chunk)
  chunkGs[i] = chunkG
    chunkAs[i] = chunkA
  chunkTs[i] = chunkT
  chunkCs[i] = chunkC
}   
plot(starts,chunkGs,type="b",ylim=c(min(min(chunkAs),min(chunkTs),min(chunkCs),min(chunkGs)),max(max(chunkAs),max(chunkTs),max(chunkCs),max(chunkGs))),col = "red")
points(starts,chunkTs,col = "blue")
points(starts,chunkAs,col = "green")
points(starts,chunkCs)

}

Im getting the following error message,

Error in seq.default(1, length(inputseq) - windowsize, by = windowsize) : 
  wrong sign in 'by' argument

我以前运行过这种类型的代码，从未遇到过这样的问题。实际上，我重新运行了之前完美运行的旧代码，但这次却收到了一条毫无意义的错误消息！在我彻底疯掉之前，我需要帮助解决这个问题...也许我只是不擅长这个程序，但我觉得它好像有自己的思想...之前我还收到过关于"ylim"函数的错误消息，指出它需要一个有限值，而我正是给了它一个有限值？救命啊！！！

- TheFoxx

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第一个问题是在第一行需要使用nchar(inputseq)而不是length(inputseq)... - Ben Bolker

你收到 ylim 错误信息的原因是你计算的碱基频率向量中的所有内容都是 NA ... - Ben Bolker

2个回答

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进一步压缩。您需要单独指定windowsize（窗口宽度）和by（采样周期），尽管我认为您希望它们相同（即将序列切成互斥块） - 如果您想要一个滑动窗口，可以使用by=1。

上面看到的错误很可能是因为某种原因windowsize大于nchar(inputseq)。

slidingwindowplotATGC = function(windowsize, by, inputseq) {
  s = strsplit(inputseq, "")[[1]]
  colors = c("green", "black", "red", "blue")
  counts =  rollapply(factor(s), width=windowsize, by=by,table)
  matplot(counts,type="l", lty=1,col=colors)
  counts
}

itest <- "aagaaaagatcaaagaccagccgccccaccccccagagccccccc"
slidingwindowplotATGC(10, itest)

您还应该检查Bioconductor——极有可能在其中找到高效的代码来进行此类汇总。

- Ben Bolker

如果你想使用字符向量运行它（即预先拆分），那么只需注释掉第一行并将s替换为inputseq。 - Ben Bolker

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- David Robinson · Accepted Answer

更改

starts = seq(1, length(inputseq)-windowsize, by = windowsize)

to

starts = seq(1, nchar(inputseq)-windowsize, by = windowsize)

假设您正在使用作为输入序列的字符向量，例如：

slidingwindowplotATGC(3, "ATAGACGATACGATACCCCGAGGGTAGGTA")

备注：除此之外，您在使用字符向量方面还存在一些非常严重的问题。例如：

 windowsize[starts[i]:(starts[i]+9999)]

为什么你看起来在从windowsize中选择，而这只是你窗口大小的整数？你是想从inputseq中选择吗？
即使你是从inputseq中进行选择，方法是使用substr(inputseq, start, stop)
starts[i]+9999是从哪里来的？你是想说starts[i]+windowsize吗？

你应该重新开始，仔细考虑你要做什么，并学习在R中完成它所需的正确工具。

预计完成时间：这里提供了一个重写的方案（你需要先安装zoo包）：

library(zoo)

slidingwindowplotATGC = function(windowsize, inputseq) 
{
    print(nchar(inputseq)-windowsize)
    s = strsplit(inputseq, "")[[1]]
    starts = seq(1, nchar(inputseq)-windowsize, by = windowsize)
    n = length(starts)
    letters = c("a", "c", "g", "t")
    colors = c("green", "black", "red", "blue")
    counts = t(sapply(letters, function(l) rollapply(s, windowsize, function(x) mean(x == l))))
    plot(counts[1, ], type="l", col=colors[1])
    for (i in 2:4) {
        points(counts[i, ], type="l", col=colors[i])
    }
    print(counts)
}

slidingwindowplotATGC(10, "aagaaaagatcaaagaccagccgccccaccccccagagccccccc")

这应该可以帮助你实现大部分功能。之后，你就需要自己摸索了 ;-)