1) Python、Ruby或Haskell是否支持真正的多线程？
这与编程语言本身无关，而是与硬件有关（如果计算机只有一个 CPU，则同时执行两条指令在物理上是不可能的）、操作系统有关（同样地，如果操作系统不支持真正的多线程，则你什么也做不了）以及语言实现/执行引擎有关。
除非编程语言明确禁止或强制使用真正的多线程，否则这与编程语言本身完全没有关系。
你提到的所有编程语言，以及之前答案中提到的所有编程语言，都有多个实现版本，其中一些支持真正的多线程，一些不支持，并且一些是建立在其他执行引擎之上，这些引擎可能支持或不支持真正的多线程。
以 Ruby 为例，以下是它的一些实现版本和它们的线程模型：
另请参阅我对Ruby的另一个相似问题的回答。（请注意，那个答案已经超过一年了，其中有些内容已经不再准确。例如，现在Rubinius使用真正的并发本地线程，而不是真正的并发绿色线程。此外，自那时以来，出现了几个新的Ruby实现，如BlueRuby、tinyrb、Ruby Go Lightly、Red Sun和SmallRuby。）
对于Python也是类似情况：
对于Haskell，至少GHC（Glorious Glasgow Haskell Compiler）支持使用本地线程实现真正的多线程。我不知道UHC、LHC、JHC、YHC、HUGS或其他所有实现的情况。
对于Erlang，BEAM和HiPE都支持使用绿色线程实现真正的多线程。
2）如果程序包含线程，虚拟机是否会自动分配任务到多个核心（或者如果主板上有多个CPU，则分配到物理CPU）？
同样地：这取决于虚拟机、操作系统和硬件。此外，上述一些实现甚至没有虚拟机。
thread.c，你可以看到 YARV 经历或将经历的三种不同线程模型的描述：绿色线程 -> 带 GIL 的本地线程 -> 真正的并行本地线程，带有细粒度锁定。然而，目前还没有代码。在 CPython 中，情况类似：Unladen Swallow 计划移除 GIL，并且如果不会太过侵入性，将这个移除贡献回 CPython。 - Jörg W MittagHaskell实现GHC支持在共享内存多核上并行执行的多种机制。这些机制在“《为多核Haskell提供运行时支持》”中进行了描述。
具体而言，Haskell运行时将工作划分为N个操作系统线程，并分布在可用的计算核心上。这些N个操作系统线程又运行M个轻量级的Haskell线程（有时会有数百万个线程）。反过来，每个Haskell线程都可以从一个火花队列中获取工作（可能有数十亿个火花）。就像下面这样：
运行时安排工作在不同的核心上执行，迁移工作并负载平衡。垃圾收集器也是并行的，使用每个核心来收集堆的一部分。
与Python或Ruby不同，Haskell没有全局解释器锁，因此出于这个原因等等，与其他语言相比，在多核上，例如Haskell和Python在多核 shootout 中的比较，GHC表现尤为出色。
如果你使用-threaded选项进行编译，并在运行时传递+RTS -N<x> -RTS，其中<x>表示你想要的操作系统线程数，那么GHC编译器将在多个操作系统线程（因此多个内核）上运行你的程序。
目前的 Ruby 1.9 版本（基于 C 的 YARV 版本）具有原生线程，但存在 GIL 问题。据我所知，Python 也存在 GIL 问题。
然而，Jython 和 JRuby（Ruby 和 Python 的成熟 Java 实现）都提供原生多线程，没有绿色线程，也没有 GIL。
不清楚 Haskell 的情况。
如果你想要真正的并发性，你可能想尝试一下 Erlang。
Haskell 可以用于任何事情。
Python 有 processing 模块，它（我认为 - 不确定）有助于避免 GIL 问题。（因此它也适用于任何事情）。
但是我的观点是，对于大型和巨大的项目，最好选择具有静态类型系统的最高级别语言。今天这些语言是：ocaml、haskell、erlang。
如果你想开发小东西 - Python 是不错的选择。但当事情变得更加复杂时 - 所有 Python 的优点都被无数的测试所消耗。
我没有使用过 Ruby。我仍然认为 Ruby 是一种玩具语言。（或者至少在你知道 Python 的情况下，没有理由去学习 Ruby - 最好读 SICP 书）。