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最佳/更标准的图形表示文件格式是什么？（GraphSON、Gexf、GraphML？）

graphfile-formatgraphml
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什么是标准图形表示文件格式或者说最常用的文件格式？我会说这三个中的一个：

但如果有人能够指出它们各自的优缺点就更好了。

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从问题中删除“最佳”可能是个好主意，因为这是高度主观的且难以量化的。回答“最受欢迎的”，“最受支持的”或“最标准的”可能会更容易一些，即使在特定上下文中也是如此。你可以说“领域X的标准格式是Y，并且被70％的新项目使用”，但是试图将质量附加到Y则更加困难。 - AnnanFay
4个回答
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答案最终取决于您的问题规模和您想要实现的目标。例如，这些格式都无法处理数十亿个顶点，而一些专门的大规模图分析框架（如Spark或GraphLab-Create）可以处理。GraphML和GEXF大致相当，都基于XML。GraphML是标准格式，并在许多图形库中得到支持，如NetworkX、igraph、Boost Graph Library、Graph-tool、JGraphT和Gephi。GraphSon并不流行。要绘制您的GraphML或GEXF图形，您可以使用Gephi或Tulip（仅限GEXF）。
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那么，难道没有基于 JSON 而不是 XML 的流行替代品吗？ - ppareja
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并不是每个库都定义了相同的JSON格式。NetworkX、sigma.js和graphson都是JSON格式，但它们各不相同。 - Kirell
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理想情况下，你希望使用被主流第三方软件支持的格式。我目前正在研究导出到Gephi并且它支持以下格式：

  • GEXF
  • GDF
  • GML
  • GraphML
  • Pajek NET
  • GraphViz DOT
  • CSV
  • UCINET DL
  • Tulip TPL
  • Netdraw VNA

我很想看到对每种格式的优劣进行分析。Gephi的示例数据集包括了很多GEXF和GML。

对于遵循Unix哲学的CSV文件，我给一个赞。如果你需要更多功能，可以自己编写脚本将其转换为其他格式（尽管可能不会被广泛采用）。 - Sridhar Sarnobat
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GNU Bison可以输出Graphviz DOT文件，以帮助可视化解析自动机，这些图通常非常大。在这里，您可以找到一个小样本。
我认为DOT至少是开源项目的事实标准，也因为有许多优秀的开源工具可以从DOT文件生成图像（例如dot、neato、sfdp）。
截至我写这篇文章的时候，Gephi和Tulip不绘制边缘标签，这可能对某些应用程序造成问题。
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