在R中将绘图保存为GIF格式

Question

在R中将绘图保存为GIF格式

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在R中，我使用函数savePlot将图形保存为图像文件。但是，我的同事只能打开.jpg和.gif文件（可能因为他正在度假，在手机上阅读电子邮件）。我不想创建jpeg，因为箱线图看起来非常丑陋（触须模糊等）。但是savePlot函数仅支持以下类型：

type = c("wmf", "emf", "png", "jpg", "jpeg", "bmp",
                  "tif", "tiff", "ps", "eps", "pdf")

如何在R中将绘图保存为GIF文件？

编辑：如果可能的话，理想的解决方案应该在不安装ImageMagick的情况下工作（这样R脚本就可以轻松移植）。

- Tomas

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包animation和caTools都有保存gif的函数：请参见http://cran.r-project.org/web/packages/animation/animation.pdf和http://svitsrv25.epfl.ch/R-doc/library/caTools/html/GIF.html。此外，还可以在这里查看：http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/05/02/12809.html。 - user1981275

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如果您可以安装ImageMagick（http://www.imagemagick.org），您可以在命令行中将图像保存为PNG并执行“convert myPlot.png myPlot.gif”，或者在R中执行“system("convert myPlot.png myPlot.gif")”。请注意，此方法需要安装ImageMagick软件。 - Ben Bolker

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你确定你的同事只能读取 GIF 格式而不能读取 PNG 格式吗？也许你可以尝试将文件保存为 PNG 格式并发送一个测试样例给他们。 - Ben Bolker

是的@Ben，我确定 - 我给他发送PNG后，他抱怨了 :) 谢谢，你的评论可能就是答案..唯一需要调整的是PNG应该保存为临时文件并在之后删除。 - Tomas

1个回答

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Ben Bolker · Accepted Answer

R没有原生的GIF图形驱动程序，这可能（完全？）是由于GIF格式的专利限制所致：请参见http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/05/02/12809.html。在caTools包中有一个函数（write.gif()），但它是专门用于编写图像的。如果您想使用它，您需要先将绘图转换为图像（例如，保存为PNG，然后将其作为图像读回到R中）。例如：

png("myPlot.png")
plot(rnorm(1000),rnorm(1000))
dev.off()
library(png)
P1 <- readPNG("myPlot.png")
library(caTools)
write.gif(P1,"myPlot.gif")
showGIF <- function(fn) system(paste("display",fn))
showGIF("myPlot.gif")
unlink("myPlot.gif")  ## clean up

?write.gif()中包含很多关于颜色索引的内容，我没有读过，但对于更复杂的图形可能很重要。

animation包中有一个saveGIF()函数来保存GIFs，但是(1)它设计用于保存多帧动画(而不是一般的图形)，(2)它通过调用ImageMagick完成。

最简单的方法就是自己构造该函数。

安装ImageMagick(http://imagemagick.org)
另存为PNG格式，然后使用ImageMagick进行转换。

例如:

png("myPlot.png")
plot(rnorm(1000),rnorm(1000))
dev.off()
system("convert myPlot.png myPlot.gif")
unlink("myPlot.png") ## clean up
showGIF("myPlot.gif")
unlink("myPlot.gif") ## clean up

当然，如果你想经常使用它们，你可以将它们放在一个函数中。

更新: 我花了更长时间来尝试得到一个纯R的解决方案，但是还没有找到一个可行的解决方案。欢迎提出建议或编辑...

## needs ImageMagick: just for testing ...
showGIF <- function(fn) system(paste("display",fn))

主要功能：

saveGIF <- function(fn,verbose=FALSE,debug=FALSE) {
    require(png)
    require(caTools)
    tmpfn <- tempfile()
    on.exit(unlink(tmpfn))
    savePlot(tmpfn,type="png")
    P1 <- readPNG(tmpfn)
    dd <- dim(P1)
    P1 <- aperm(P1,c(3,1,2),resize=TRUE)  ## P1[,1,15]
    dim(P1) <- c(dd[3],prod(dd[1:2]))
    P1 <- t(P1)
    if (verbose) cat("finding unique colours ...\n")
    P1u <- unique(P1)
    rgbMat <- function(x) {
        rgb(x[,1],x[,2],x[,3])
    }
    if (verbose) cat("creating colour index ...\n")
    pp <- paste(P1[,1],P1[,2],P1[,3],sep=".")
    ## make sure factor is correctly ordered
    ind <- as.numeric(factor(pp,levels=unique(pp))) 
    if (verbose) cat("finding colour palette ...\n")
    if (nrow(P1u)>256) {
        if (verbose) cat("kmeans clustering ...\n")
        kk <- kmeans(P1u,centers=256)
        ind <- kk$cluster[ind]
        pal <- rgbMat(kk$centers)
    } else {
        pal <- rgbMat(P1u)
    }
    ## test:
    if (debug) {
        dev.new()
        par(mar=rep(0,4))
        image(t(matrix(ind-1,nrow=dd[1])),col=pal,axes=FALSE,ann=FALSE)
    }
    if (verbose) cat("writing GIF ...\n")
    indmat <- matrix(ind-1,nrow=dd[1])
    storage.mode(indmat) <- "integer"
    write.gif(indmat,fn,col=as.list(pal),scale="never")
}


X11.options(antialias="none")
image(matrix(1:64,nrow=8),col=rainbow(10))
saveGIF("tmp.gif",verbose=TRUE,debug=TRUE)
showGIF("tmp.gif")