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在RStudio中进行循环过程中的绘图

rplotrstudio
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我正在使用R语言（模拟退火算法）实现旅行商问题（TSP）的解决方案，并希望定期输出当前的最佳路径。我已经搜索了很多关于如何在for循环中输出图形的资料，但到目前为止都没有成功。
我使用RStudio，并希望在生成图形时看到它们。如果您曾经观察过TSP求解器的工作，您就会明白观察它们的过程是多么酷。这里是一个示例图形输出：http://www.staff.science.uu.nl/~beuke106/anneal/anneal.html 我不认为内存使用量会成为问题（在约500,000次迭代期间，我只期望看到50-100个图形）。以下是一个示例函数，我们期望在函数运行期间看到10个不同的图形：
Plotz <- function(iter = 1000000, interval = 100000) {
  x <- 1:10
  for(i in 1:iter){
    y <- runif(10)
    if(i %% interval == 0) {
      plot(x, y)
    }
  }
  return(c(x, y))
}
Plotz()
当我运行这个代码时，在RStudio中只能看到最后绘制的图形。如何在生成过程中查看所有的图形？
此外，我使用的是Ubuntu操作系统（最新的稳定版本），不知道这是否相关。
提前感谢大家。
编辑：按照Captain Murphy的建议，在Linux终端上运行代码，画面出现了。但是我仍然认为“如何在RStudio中实现这一点？”这个问题很重要。它是一个非常好的程序，也许有人知道如何解决这个问题？
编辑2：正如Thilo所说，这是Rstudio中已知的一个错误。如果有任何其他解决此问题的想法而无需修复软件本身，则仍有值得讨论的内容。否则，将此问题视为已解决。
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请在标准的R控制台中尝试您的代码（而非R Studio）。迭代图似乎对我来说会一直出现，而不仅仅是在最后出现一个。 - Captain Murphy
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我不知道你是否注意到了，在RStudio的绘图面板中有前进和后退箭头，这实际上是一个很好的方式，让你可以循环浏览生成的图形（我一开始也没注意到）。当然，你不能在生成时看到这些图形，但之后你可以随意循环浏览这些图形。 - Christoph_J
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我无法为您提供完整的答案，但或许可以提供一些信息：这似乎是2011年RStudio中的一个错误（bug）。请参阅http://support.rstudio.org/help/discussions/suggestions/214-plots-should-update-in-real-time-osx。 - Thilo
如果你在RStudio中尝试使用ggplot2进行for循环，你可以在绘图函数周围放置一个打印语句来显示绘图。 - fabianegli
7个回答
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调用Sys.sleep(0)应该会导致绘图。与X11的解决方案不同，这种方法也适用于RStudio服务器版本。

（我惊讶于dev.flush()没有给出您希望得到的结果，这可能是一个错误。）

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这也是一个很好的解决方案。与 @Sacha 的区别在于，如果我们在短时间内生成许多图形，这个解决方案（至少在我的系统上）不会总是显示所有的图形，如果它们被太快地生成。这并不一定是件坏事，这取决于您是否想看到所有的图形，或者您的目标只是对TSP系统的当前状态有一个大致的了解。对于我的目的，x11() 解决方案效果更好，但这个解决方案也很棒。 - Rguy
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回答@JoeCheng和评论@RGuy的问题：正如我与RStudio的同事商讨的，主要是由于短时间内绘图次数太多所导致的问题。解决方法有两个：

  • Sys.sleep(0) 可以帮助更新绘图窗口。
  • 每W个循环而不是每个循环进行绘图更新。

例如，在我的计算机上（i7，RStudio服务器），以下代码在循环完成之前不会更新：

N <- 1000
x <- rep(NA,N)
plot(c(0,1)~c(0,N), col=NA)
for(i in seq(N)) {
  Sys.sleep(.01)
  x[i] <- runif(1)
  iseq <- seq(i-99,i)
  points( x[i]~i )
  Sys.sleep(0)
}

以下代码实时更新，尽管要绘制的点数相同：
N <- 1000
x <- rep(NA,N)
plot(c(0,1)~c(0,N), col=NA)
for(i in seq(N)) {
  Sys.sleep(.01)
  x[i] <- runif(1)
  iseq <- seq(i-99,i)
  if(i%%100==0) {
    points( x[iseq]~iseq )
    Sys.sleep(0)
  }
}

换句话说，似乎关键是 plot 的调用次数，而不是要绘制的数据量。
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我的问题是，当我想在TCL TK窗口中绘图时怎么办？我找不到更新窗口的方法。当我执行Sys.sleep(0)时，它正在更新，但是我无法看到变化，直到我通过按住并移动标题栏来移动（字面上）窗口。 - David
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你可以做的一件事是打开一个X11窗口并在其中绘图：

x11()
Plotz()

这应该与在终端中运行它的方式相同。

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如果您想保存图表，您可以在循环中打开一个新设备，然后在之后关闭它。

Plotz <- function(iter = 1000, interval = 100) {
  x <- 1:10

  p <- 0 #plot number

  for(i in 1:iter){

    y <- runif(10)
    if(i %% interval == 0) {
        png(file=paste(i,"png",sep="."))
        p <- p + 1; plot(x, y)
        dev.off()
    }
  }
return(c(x, y))
}
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您还可以在RStudio界面左下角的绘图选项卡上使用后退箭头来查看绘图。

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Plotz <- function(iter = 1000, interval = 100) {
  x <- 1:10
  p <- 0 #plot number
  for(i in 1:iter){
    y <- runif(10)
    if(i %% interval == 0) {
        p <- p + 1; plot(x, y)
        readline("Please press the Enter key to see the next plot if there is one.")
    }
  }
  return(c(x, y))
}
Plotz()
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你可以使用animate包将你的绘图层叠成一个GIF。
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