从bash脚本中调用conda source activate

Question

我试着通过一个bash脚本来激活我的conda环境。尽管脚本运行良好且脚本内看似已经改变了PATH，但是在脚本终止后某种方式它又被重置了。我可以在命令行中调用source activate test并且它可以正常工作。以下是示例及其输出。

脚本：

PycharmProjects/test » cat ./example.sh
echo "before calling source: $PATH"
source activate test
echo "after calling source: $PATH"

输出：

./example.sh
before calling source: /Use rs/me/miniconda3/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Library/TeX/texbin

discarding /Users/me/miniconda3/bin from PATH
prepending /Users/me/miniconda3/envs/test/bin to PATH

after calling source: /Users/me/miniconda3/envs/test/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Library/TeX/texbin`

但是，如果脚本执行完成后我运行 echo $PATH 命令，你会发现 $PATH 没有改变（即没有添加 /Users/me/miniconda3/envs/test/bin）： PycharmProjects/test » echo $PATH /Users/me/miniconda3/bin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Library/TeX/texbin

- matt_k

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“echo $PATH” 是在哪里说的？您是将 “example.sh” 作为脚本本身运行（即 ./example.sh）还是引用它（即 source example.sh）？ - Etan Reisner

运行 example.sh 脚本（./example.sh）。脚本运行结束后，我调用了 echo $PATH，只是为了展示 $PATH 实际上并没有改变。 - matt_k

将其作为脚本运行时，更改会停止在运行脚本的 shell 中。这就是为什么您需要“source”激活脚本，以使其首先应用于正在运行的脚本/ shell。 - Etan Reisner

可能是如何在Bash脚本中调用virtualenv activate的重复问题。 - Etan Reisner

感谢您提供脚本修复。 - matt_k

我曾经遇到过同样的问题，最终强制我的脚本被引用。这导致了其他麻烦（例如使用set -e运行它）- 最终值得改为“普通”运行（不是被引用），并应用接受的答案。感谢您提出这个问题！ - Guy Rapaport

Answer 1

在较新的conda版本（4.6+）中，我注意到以下内容可行：

eval "$(conda shell.bash hook)"
conda activate <env-name>

- Anthony Scopatz

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请问一下为什么需要执行 eval "$(conda shell.bash hook)" 命令？ - Jon

conda shell.bash hook 返回一个 bash 字符串。我猜你可以将其写入文件，然后再源化该文件，但是使用 eval 更容易/更快速。 - Anthony Scopatz

@AnthonyScopatz 解释了你在做什么，但没有解释为什么。使用 conda activate <env> 没有那个 eval 表达式也能正常工作，所以为什么你要这样做仍然不清楚。 - Cerin

当使用 conda activate 命令出现错误并提示需要运行 conda init 命令时，可以通过此处的 eval 表达式使其在不运行 conda init 的情况下正常工作。 - Allen Baron

获取：CommandNotFoundError：您的shell未正确配置以使用'conda activate'。 - ntg

Answer 2

我在运行bash shell的Mac OSX上发现以下内容可行：

#!/bin/bash
source /Users/yourname/anaconda/bin/activate your_env
python --version # example way to see that your virtual env loaded as expected

请确保使用以下命令将脚本设为可执行：

chmod +x yourscript.bash

- user3150079

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它在我的Ubuntu 18、Conda 4.9上运行良好。比Anthony Scopatz的方法花费更少的时间。原因超出了我的理解范围。 - Mauricio Arboleda-Zapata

Answer 3

交互式 Shell

conda activate 命令是为 交互式 shell 会话而设计的。其中一种解决方案是在交互式 shell 中有意地运行脚本。可以通过 shebang（如果打算使用 ./example.sh 调用）来完成：

example.sh

#!/usr/bin/env bash -l
echo "before calling source: $PATH"
## `source activate` is deprecated
conda activate test
echo "after calling source: $PATH"

或者，通过在shell中指定标志：

## bash
bash -l example.sh

## zsh
zsh -i example.sh

所有这些都假定执行用户已经为shell运行了 conda init。

使用 conda run

对于环境内的编程式执行，Conda提供了conda run命令。与其混乱地处理shell状态，不如让Conda保证在环境中执行：

crun_example.sh

echo "PATH outside environment: $PATH"

## printing shell variables is complicated by escaping
conda run -n test bash -c "echo \"PATH inside environment: \${PATH}\""

## but realistic application is usually a non-trivial script
conda run -n test python my_script.py

涉及用户界面I/O的代码通常需要一个--live-stream标志。详情请参阅conda run --help。

- merv

Answer 4

请查看下面的链接：digitalocean-how-to-read-and-set-environmental-and-shell-variables-on-a-linux-vps。以下是网站上的一段摘录：

这是因为环境变量只传递给子进程。没有内置的方法来设置父 shell 的环境变量。在大多数情况下，这是有益的，并防止程序影响调用它们的操作环境。

- Jithin Scaria

Answer 5

我正在使用一台具有以下规格的工作站：

- Fedora `37` - Bash: `GNU bash, version 5.2.15(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu)` - conda: `23.7.2`

对于我来说，这些解决方案都没有起作用，无论是使用bash交互模式、登录模式，还是`eval "$(conda shell.bash hook)"`等等。

针对像我一样无法使这些解决方案起作用的人，我有一个解决办法：

在项目文件夹中创建一个名为`activate.sh`的bash文件，并包含以下内容：

#!/bin/bash
conda activate your_env_name

在~/.bash_aliases中添加一个别名，就像这样：

alias conda-activate='test -f $PWD/activate.sh && source $PWD/activate.sh'

在您的项目文件夹中运行conda-activate。

我知道这个问题是关于macOS的，但这是stackoverflow上最常被引用的问题，我认为这里是一个很好的地方来发布我的解决方案。

- Ebrahim Pasbani