RODBC无法识别我的ODBC设置

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RODBC无法识别我的ODBC设置

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我在一个Red Hat Linux 6服务器上运行R 2.15.2。我的目标是通过RODBC连接到另一台机器上的MS SQL Server数据库。我进行了研究，并从Microsoft支持网站下载并安装了Linux版本的MS SQL ODBC驱动程序。由于它是Windows驱动程序所需的，而且尚未在RHL仓库中（仓库版本为2.2.14），因此我必须从源代码构建unixODBC版本2.3.0。

经过一番努力，我终于成功安装和配置了驱动程序，并可以通过isql命令成功连接到SQL Server数据库。

$ isql -v test testuser testpass
+---------------------------------------+
| Connected!                            |
|                                       |
| sql-statement                         |
| help [tablename]                      |
| quit                                  |
|                                       |
+---------------------------------------+
SQL>

我知道我的odbc.ini和odbcinst.ini文件已经正确设置。

然而，当我尝试从R中访问ODBC连接时，会发生以下情况:

> test <- odbcDriverConnect('DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass')
Warning messages:
1: In odbcDriverConnect("DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass") :
   [RODBC] ERROR: state IM002, code 0, message [unixODBC][Driver Manager]Data 
   source name not found, and no default driver specified
2: In odbcDriverConnect("DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass") :
   ODBC connection failed

这是在R中执行odbcDataSources命令的结果:

> odbcDataSources()
named character(0)

我做了一些研究，认为解决方案（虽然我可能错了）可能与正确配置ODBC环境变量有关，以便RODBC知道去哪里找odbc.ini。根据我的研究，我找到了以下可能相关的环境变量：$ODBCINI，$ODBCSYSINI，$ODBC_ROOT $ODBC_INCLUDE和$ODBC_LIBS。我有一个合理的想法应该设置这些内容，但我不确定如何永久性地设置它们，以便RODBC可以识别出适当的文件所在位置。

有人能为我解释一下吗？我不确定我是否正确理解了环境变量在Linux中的工作方式，特别是为什么isql可以毫无问题地连接，但RODBC甚至找不到驱动程序/数据源。

注意：当我安装了repo版本的unixODBC时，使用R中的install.packages（'RODBC'）命令可以很好地安装RODBC。但是，在我从源代码安装了unixODBC 2.3.0之后，由于依赖性问题，RODBC安装将失败，并且我必须使用此处发布的指南从源代码安装RODBC。我是否可能最初未正确配置ODBC，这就是为什么现在遇到困难的原因？

- vergilcw

即使在Windows中，我发现odbcDriverConnect语句很难处理，以至于我从未让它工作。相反，我使用odbcConnect（'odbc_dsn_entry'，uid ='username'）。我知道Ubuntu有一个ODBC管理器，看起来很像Windows的那个，但在Red Hat中没有做过更多的帮助。此外，在ODBC管理器中将DB设置为用户和系统DSN，我更成功了些。 - Dean MacGregor

4个回答

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在Ubuntu服务器上，我像这样设置了：

编辑~/.bash_profile

nano ~/.bash_profile
添加以下行

export ODBCINI=/usr/local/etc/odbc.ini export ODBCSYSINI=/usr/local/etc

然后RODBC就可以正常工作了。

- Nestor Montano

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找不到驱动程序是因为您没有指定它！我不明白DSN应该如何工作，但在类似的情况下，以下方法适用于我：

ch <- odbcDriverConnect('driver={SQL Server};server=servername;database=databasename;uid=username;pwd=password;')
sqlQuery(ch,'sql script',stringsAsFactors = FALSE)

当然，它必须是精确的。将 {SQL Server} 替换为您拥有的任何驱动程序，这是一个棘手的部分。服务器名称与管理工具中下拉列表中出现的内容相同，在您的情况下可能是 "test"。isql 必须自动使用正确的驱动程序。

例如，对于 MySQL，可能是：

Driver={MySQL ODBC 5.1 Driver};Server=localhost;Database=myDataBase;User=myUsername;Password=myPassword;Option=3;

我只是搜索了“mysql odbc连接字符串”，而不是任何与R有关的内容。

- ARobertson

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我在配置了Mac OS 10.13.3 High Sierra上的unixODBC后也遇到了这个问题。我尝试配置我的.Renviron以设置一个R特定的环境变量来设置ODBCINI，但RODBC仍无法列出我的数据源名称(DSNs)。此外，我无法使用ODBCinst.ini中指定的驱动程序或者使用RODBC::ODBCDriverConnect()建立连接字符串，尽管我能够通过isql连接。

我能够让JDBC连接起作用，但我不想依赖于JVM，而且我已经为RODBCext编写了大量的数据库访问代码。

最终起作用的方法很简单：

remove.packages('RODBC')
install.packages('RODBC', type="source")

似乎如果您在Mac上从源代码安装RODBC，则它会正确地识别odbc.ini文件和odbcinst.ini文件。感谢这篇文章微妙的评论，为我们揭示了关键：http://eriqande.github.io/2014/12/19/setting-up-rodbc.html。

- Nadir Sidi

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可以查看英文原文，
原文链接

- Chris Hinshaw · Accepted Answer

哇，我以为只有我在处理这类问题。我必须解决相同的问题，发现最好的解决方案是使用rjdbc。这要容易配置，因为在Linux或OSX上使用ODBC非常不稳定。 RJDBC性能很棒，因为它使用本地ms sql server jar执行查询。以下是我们脚本中的一个示例。您只需要从Microsoft下载sqljdbc4.jar，然后将其安装.package（“RJDBC”）到您的环境中。我意识到您正在尝试让ODBC工作，我确实让它在OSX上工作了，但由于在Linux上的时间原因放弃了。

library(RJDBC);  

drv <- JDBC('com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver', '/usr/local/project/dataproviders/jdbc/sqljdbc4.jar', identifier.quote="'"); 

ch <- dbConnect(drv, 'jdbc:sqlserver://the.server.address.net;databaseName=DataWarehouse', 'USERNAME', 'PASSWORD'); 

allsupp_allprod_allproc <- dbGetQuery(ch, paste("SELECT  [Date], Sum([Fail]) as Numerator, Sum([Pass] + [Fail]) as Denominator,'' as Annotation,'True'  as 'Use for CL' FROM [PSU_YieldData] Group by [Date] Order by [Date]"));