如何在R中计算相关性

Question

我希望能够在R中计算数据集x的子集中列之间的相关系数。我的数据集包含了40个模型，每个模型有200次模拟，总共8000行。我需要为每个模拟（40行）计算它们之间的相关系数。

cor(x[c(3,5)])可以计算所有8000行的相关系数。
我需要cor(x[c(3,5)])，但只限于当 X$nsimul=1时的结果，依此类推。

您能帮助我吗？ San

- san

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cor(x[X$nsimul==1,c(3,5)])？没有可重现的示例，这个问题很难回答。 - Sacha Epskamp

Answer 1

我不确定你在使用 x[c(3,5)] 做什么，但看起来你想要做以下操作：你有一个数据框 X，如下所示：

set.seed(123)
X <- data.frame(nsimul = rep(1:2, each=5), a = sample(1:10), b = sample(1:10))

> X
   nsimul  a  b
1       1  1  6
2       1  8  2
3       1  9  1
4       1 10  4
5       1  3  9
6       2  4  8
7       2  6  5
8       2  7  7
9       2  2 10
10      2  5  3

您希望按照nsimul列来拆分数据框，并计算每个组中a和b之间的相关性。这是一个经典的split-apply-combine问题，非常适合使用plyr包解决：

require(plyr)
> ddply(X, .(nsimul), summarize, cor_a_b = cor(a,b))
  nsimul    cor_a_b
1      1 -0.7549232
2      2 -0.5964848

- Prasad Chalasani

Answer 2

您可以使用by函数，例如：

correlations <- as.list(by(data=x,INDICES=x$nsimul,FUN=function(x) cor(x[3],x[5])))

# now you can access to correlation for each simulation
correlations["simulation 1"]
correlations["simulation 2"]
...
correlations["simulation 40"]

- digEmAll