“以下对象被‘package:xxx’遮蔽”是什么意思？

Question

“以下对象被‘package:xxx’遮蔽”是什么意思？

105

当我加载一个包时，会出现一条消息：

"The following object is masked from 'package:xxx'

例如，如果我加载了 testthat，然后是 assertive，我将获得以下结果：

library(testthat)
library(assertive)  
## Attaching package: ‘assertive’
## 
## The following objects are masked from ‘package:testthat’:
## 
##     has_names, is_false, is_less_than, is_null, is_true

这个消息是什么意思，我该如何防止它出现？

- Richie Cotton

2个回答

0

我有同样的问题。我使用remove.packages("Package making this confusion")来避免它，它有效。在我的情况下，我不需要第二个包，所以那不是一个很好的主意。

- ahmed jou

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Richie Cotton · Accepted Answer

该消息的意思是，这两个软件包中具有相同名称的函数。在这种情况下，testthat和assertive软件包包含五个相同名称的函数。

当两个函数具有相同的名称时，哪个会被调用？

R将通过search路径查找函数，并使用它找到的第一个函数。

search()
 ##  [1] ".GlobalEnv"        "package:assertive" "package:testthat" 
 ##  [4] "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics" 
 ##  [7] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
 ## [10] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"

在这种情况下，由于assertive是在testthat之后加载的，它出现在搜索路径中较早的位置，因此该包中的函数将被使用。

is_true
## function (x, .xname = get_name_in_parent(x)) 
## {
##     x <- coerce_to(x, "logical", .xname)
##     call_and_name(function(x) {
##         ok <- x & !is.na(x)
##         set_cause(ok, ifelse(is.na(x), "missing", "false"))
##     }, x)
## }
<bytecode: 0x0000000004fc9f10>
<environment: namespace:assertive.base>

testthat中的函数不能以通常的方式访问；也就是说，它们已经被掩盖了。

如果我想要使用其中一个被掩盖的函数怎么办？

你可以在调用函数时显式提供包名称，使用双冒号操作符::。例如：

testthat::is_true
## function () 
## {
##     function(x) expect_true(x)
## }
## <environment: namespace:testthat>

如何抑制这个消息？

如果您了解函数名称冲突并且不想再次看到它，请通过将warn.conflicts = FALSE传递给library来抑制该消息。

library(testthat)
library(assertive, warn.conflicts = FALSE)
# No output this time

或者使用suppressPackageStartupMessages函数来抑制该消息：

library(testthat)
suppressPackageStartupMessages(library(assertive))
# Also no output

R的启动程序对函数屏蔽的影响

如果您更改了R的某些启动配置选项（请参见?Startup），则可能会遇到与您预期不同的函数屏蔽行为。如?Startup中所述的事情发生的精确顺序应该解决大多数问题。

例如，文档中指出：

请注意，在源代码时只加载基础包，因此需要通过例如utils::dump.frames引用其他包中的对象，或在显式加载相关包后引用。

这意味着，当通过像.Rprofile这样的文件加载第三方包时，如果您在R的启动过程完成之后加载第三方包，则可能会看到来自那些默认包（如stats）的函数掩盖那些来自第三方包的函数，而不是相反。

如何列出所有被屏蔽的函数？

首先，获取搜索路径上所有环境的字符向量。为方便起见，我们将此向量的每个元素命名为其自身的值。

library(dplyr)
envs <- search() %>% setNames(., .)

获取每个环境导出的函数（和其他变量）。

fns <- lapply(envs, ls)

将此转换为数据框，以便使用dplyr更加方便。

fns_by_env <- data_frame(
  env = rep.int(names(fns), lengths(fns)),
  fn  = unlist(fns)
)

查找对象出现超过一次的情况。

fns_by_env %>% 
  group_by(fn) %>% 
  tally() %>% 
  filter(n > 1) %>% 
  inner_join(fns_by_env)

为了测试这一点，可以尝试加载一些已知冲突的软件包（例如Hmisc，AnnotationDbi）。

如何防止名称冲突错误？

conflicted软件包会抛出一个带有有用错误信息的错误，每当你尝试使用一个有歧义的变量时。

library(conflicted)
library(Hmisc)
units
## Error: units found in 2 packages. You must indicate which one you want with ::
##  * Hmisc::units
##  * base::units