用Python字典创建networkx图

Question

我需要用networkX或任何其他的Python图形库来帮助处理问题。我有一个包含键和每个键对应几个值的字典：

{nan: array([nan, nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'BBDD': array([nan, nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'AAAD': array(['BBDD', nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'AAFF': array(['AAAD', nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'MMCC': array(['AAAD', nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'KKLL': array(['AAFF', 'MMCC', 'AAAD', 'BBDD', nan, nan, nan], dtype=object),
 'GGHH': array(['KKLL', 'NI4146', 'MMCC', nan, nan, nan, nan],dtype=object), ...}

现在我的问题是，我该如何将此字典中的数据放入图形中，其中键将成为节点，值将成为边。哪种方式最适合遍历字典？

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

g = nx.DiGraph()
g.add_nodes_from([1,2,3,4,5])
g.add_edge(1,2)
g.add_edge(4,2)
g.add_edge(3,5)
g.add_edge(2,3)
g.add_edge(5,4)

nx.draw(g,with_labels=True)
plt.draw()
plt.show()

它应该是这样的，但使用其他数据

- jovicbg

---

为什么你使用一个字符串的numpy数组而不是普通的字符串列表？ - Ignacio Vergara Kausel

我真的不确定你在说什么，我是一个完全的初学者。但我猜你的意思是，因为我得到了第一个数据框，然后我将数据框转换为字典。@IgnacioVergaraKausel - jovicbg

Answer 1

实际上，图可以通过字典简单地初始化。在这种情况下：

g = nx.DiGraph(d)

将返回您想要的图形。

- CrnlWes

Answer 2

假设您从以下内容开始：

d = {nan: array([nan, nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'BBDD': array([nan, nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'AAAD': array(['BBDD', nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'AAFF': array(['AAAD', nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'MMCC': array(['AAAD', nan, nan, nan, nan, nan, nan], dtype=object),
 'KKLL': array(['AAFF', 'MMCC', 'AAAD', 'BBDD', nan, nan, nan], dtype=object)}

然后，您可以像这样使用 add_nodes_from ：

g = nx.DiGraph()
g.add_nodes_from(d.keys())

并且像这样使用add_edges_from：

for k, v in d.items():
    g.add_edges_from(([(k, t) for t in v]))

请注意，不需要假设节点是整数。

接下来，您可以看到：

>>> g.edges()
[(nan, nan),
 ('AAAD', 'BBDD'),
 ('AAAD', nan),
 ('MMCC', nan),
 ('MMCC', 'AAAD'),
 ('BBDD', nan),
 ('KKLL', 'BBDD'),
 ('KKLL', nan),
 ('KKLL', 'AAFF'),
 ('KKLL', 'AAAD'),
 ('KKLL', 'MMCC'),
 ('AAFF', nan),
 ('AAFF', 'AAAD')]

​

- Ami Tavory