这是我的脚本:
#!/bin/bash
#script to loop through directories to merge fastq files
sourcedir=/path/to/source
destdir=/path/to/dest
for f in $sourcedir/*
do
fbase=$(basename "$f")
echo "Inside $fbase"
zcat $f/*R1*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R1.fastq.gz
zcat $f/*R2*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R2.fastq.gz
done
这里有大约30个子目录在目录“source”中。每个子目录都有特定的R1.fastq.gz文件和R2.fastq.gz文件,我想将它们合并成一个R1.fastq.gz和R2.fastq.gz文件,然后保存到目标目录中。我的代码工作得很好,但由于数据量的原因,我需要加快速度。我想知道是否有办法在我的脚本中实现多线程编程?如何运行我的脚本,以便多个作业并行运行?由于对Bash脚本不熟悉,所以任何帮助将不胜感激。