如何在Bash中重命名文件以增加名称中的数字？

Question

我有几千个这样命名的文件：

Cyprinus_carpio_600_nanopore_trim_reads.fasta                
Cyprinus_carpio_700_nanopore_trim_reads.fasta               
Cyprinus_carpio_800_nanopore_trim_reads.fasta                
Cyprinus_carpio_900_nanopore_trim_reads.fasta 
Vibrio_cholerae_3900_nanopore_trim_reads.fasta

针对第一二个单词80种不同的变体（即80个不同的物种），我希望将这些文件都重命名，使得文件编号增加100 - 例如：

Vibrio_cholerae_3900_nanopore_trim_reads.fasta 

would become

Vibrio_cholerae_4000_nanopore_trim_reads.fasta

或者

Cyprinus_carpio_300_nanopore_trim_reads.fasta

would become

Cyprinus_carpio_400_nanopore_trim_reads.fasta

很不幸，我无法弄清如何重命名它们，我试图遵循https://unix.stackexchange.com/questions/40523/rename-files-by-incrementing-a-number-within-the-filename上的解决方案，有些成功。

但是我无法使其在文件名内部起作用，如果这有所帮助，我正在运行Ubuntu 18.04。

- MolEcologist29

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文件名中只有一个数字吗？还是可能有多个数字？它总是在第3部分，还是可能出现在其他地方？ - Mark Setchell

嗨，它总是在相同的位置，并且文件名中只有一个数字，谢谢。 - MolEcologist29

Answer 1

如果你可以获取Perl版本的rename，那么使用起来就像这样简单：

rename -n 's/(\d+)/$1 + 100/e' *fasta

样例输出

'Ciprianus_maximus_11_fred.fasta' would be renamed to 'Ciprianus_maximus_111_fred.fasta'
'Ciprianus_maximus_300_fred.fasta' would be renamed to 'Ciprianus_maximus_400_fred.fasta'
'Ciprianus_maximus_3900_fred.fasta' would be renamed to 'Ciprianus_maximus_4000_fred.fasta'

如果你不会读Perl，那么这段话的意思是："进行一次单个替换。无论何时看到一排连续的数字（\d+），记住它们（因为我把它放在括号里），然后用该数字串的计算结果（$1）加上100来替换它们." 如果测试运行正确，请移除 -n。唯一的"棘手的部分"是在替换末尾使用了 e ，这意味着在替换式中评估表达式，或者说进行了"计算替换"。

- Mark Setchell

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这看起来不错，我遇到的唯一问题是因为它是增量步骤，我遇到了以下问题：Zygosaccharomyces_rouxii_3000_nanopore_trim_reads.fasta未重命名：Zygosaccharomyces_rouxii_3100_nanopore_trim_reads.fasta已存在。 - MolEcologist29

请注意，有两个常见的可执行文件名为“rename”。如果您使用的是“util-linux”软件包提供的那个，您将没有“-n”选项。 - David C. Rankin

@DavidC.Rankin 是的，谢谢。这就是为什么我说“Perl风味”的原因！如果您知道正确的软件包，也许您可以添加它吗？再次感谢。 - Mark Setchell

不确定你的所有文件实际上是如何命名的。也许你可以对每个文件名加上105，然后再减去5，这样它们就不会冲突了？请在文件的备份副本上进行操作。 - Mark Setchell

@MarkSetchell，不幸的是这取决于发行版，例如Archlinux提供了一个perl-rename包，Debian将其提供为rename包，但openSuSE将其捆绑在一些不容易看出来的外来perl包中。最好的建议是首先运行rename -h :)。 - David C. Rankin

如果您想在数字旁边添加文本，可以使用s/(\d+)/"blabla".($1+100)/e。 - NaN

Answer 2

如果您的字符串中只有一个数字，那么以下两行代码应该可以帮助您解决问题。

filename="Vibrio_cholerae_3900_nanopore_trim_reads.fasta"
var=$(echo $filename | grep -oP '\d+')
echo ${filename/${var}/$((var+100))}

不要回显更改后的文件名，你可以将其存入变量中，然后使用mv命令进行重命名。

- Ashishkumar Singh

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最好使用 "+" 而不是 "" 进行 "grep"，因为有些版本不使用 "". - l'L'l

@我会更新我的答案。 - Ashishkumar Singh

Answer 3

考虑到文件名冲突是按递增顺序排列的，我最初想到的是颠倒顺序，但在字母（标准）排序中仍可能存在冲突，因为与数字排序不同。
那么，如何采取两步解决方案：第一步，在文件名中插入转义字符（或任何不出现在文件名中的字符），第二步将其删除。

#!/bin/bash

esc=$'\033' # ESC character

# 1st pass: increase the number by 100 and insert a ESC before it
for f in *.fasta; do
    num=${f//[^0-9]/}
    num2=$((num + 100))
    f2=${f/$num/$esc$num2}
    mv "$f" "$f2"
done

# 2nd pass: remove the ESC from the filename
for f in *.fasta; do
    f2=${f/$esc/}
    mv "$f" "$f2"
done

- tshiono

Answer 4

Mark的perl-rename解决方案看起来很不错，但你应该使用它两次，并增加50以避免名称冲突。如果你找不到这种重命名方式，可以尝试我的rene.py（https://rene-file-renamer.sourceforge.io），命令为（也要应用两次）rene *_*_*_* *_*_?_* B/50。rene会更容易一些，因为它会自动显示更改并询问您是否要进行更改，如果您改变主意，它还有撤消功能。

- David McCracken