使用Python将BibTex文件转换为数据库条目

Question

给定一个bibTex文件，我需要将相应的字段（作者、标题、期刊等）添加到MySQL数据库中的一张表中（使用自定义架构）。

经过一些初步的研究，我发现存在Bibutils可以将bib文件转换为xml。我的初步想法是将其转换为XML，然后在Python中解析XML以填充字典。

我的主要问题是：

1. 有没有更好的方法可以进行这种转换？
2. 是否存在直接解析bibTex并在Python中提供字段的库？

（我确实找到了bibliography.parsing，它在内部使用bibutils，但是文档不多，而且我发现很难让它正常工作）。

- varrunr

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请在 http://tex.stackexchange.com/ 上提问。 - Martin Schröder

Answer 1

虽然这是一个老问题，但我现在正在使用Pybtex库进行相同的操作，该库具有内置解析器：

from pybtex.database.input import bibtex

#open a bibtex file
parser = bibtex.Parser()
bibdata = parser.parse_file("myrefs.bib")

#loop through the individual references
for bib_id in bibdata.entries:
    b = bibdata.entries[bib_id].fields
    try:
        # change these lines to create a SQL insert
        print b["title"]
        print b["journal"]
        print b["year"]
        #deal with multiple authors
        for author in bibdata.entries[bib_id].persons["author"]:
            print author.first(), author.last()
    # field may not exist for a reference
    except(KeyError):
        continue

- paulusm

Answer 2

我的解决办法是使用bibtexparser将相关字段导出到csv文件中；

import bibtexparser
import pandas as pd

with open("../../bib/small.bib") as bibtex_file:
    bib_database = bibtexparser.load(bibtex_file)
    
df = pd.DataFrame(bib_database.entries)
selection = df[['doi', 'number']]
selection.to_csv('temp.csv', index=False)

接着将csv文件写入到数据库表中，然后删除temp.csv文件。

这可以避免我发现的一些与pybtex相关的复杂问题。

- blanky

Answer 3

您还可以使用Python BibtexParser：https://github.com/sciunto/python-bibtexparser 文档： https://bibtexparser.readthedocs.org 非常简单易懂（我在生产中使用它）。

顺便说一下，我不是这个库的开发者。

- ChrisR

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主要仓库在这里：https://github.com/sciunto-org/python-bibtexparser。 - Warm_Duscher

Answer 4

将内容转换成XML是个好主意。

XML作为一种应用程序无关的数据格式存在，因此您可以使用现成的库进行解析；将它用作中介没有特定的缺点。事实上，通常您甚至可以在不经过像Python这样的编程语言的情况下将XML导入数据库（虽然您需要为此类任务编写的Python代码量很少）。

据我所知，Python没有直接成熟的bibTeX阅读器。

- Borealid

Answer 5

您可以使用Perl包Bib2ML（又名Bib2HTML）。它包含一个bib2sql工具，该工具从BibTeX数据库生成SQL数据库，其模式如下：

另一种工具：bibsql和bibtosql。

然后，您可以编写一些SQL转换查询将其输入到模式中。

- Franck Dernoncourt

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经过很长一段时间，我对你做的这些图表非常感兴趣。请问你能分享一下你是如何创建它们的吗？ - MEdwin