从文件对象或netCDF4数据集创建Iris Cube

Question

从文件对象或netCDF4数据集创建Iris Cube

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有没有办法使用文件对象（二进制流）或从netCDF4数据集对象创建（打开/加载）一个Iris Cube？具体而言，我有一个通过URL提供的文件，但不是由OpenDAP服务器提供的；iris.load_cube()等函数在此文件上失败。我意识到Iris更喜欢惰性加载，因此使用URI而不是内存数据，但这并非总是可行的。对于一个普通的netCDF4 Dataset对象，我可以执行以下操作：

from urllib.request import urlopen
import netCDF4 as nc

url = 'https://crudata.uea.ac.uk/cru/data/temperature/HadCRUT.4.6.0.0.median.nc'
with urlopen(url) as stream:
    ds = nc.Dataset('HadCRUT', memory=stream.read())

所以我希望对Iris Cube 做类似的事情，或者将netCDF4数据集读入到一个立方体中，而不需要通过磁盘上的临时文件。我原本希望在Iris的功能中会存在这样的东西，但是我还没有在参考文档中找到它。

- 9769953

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- imposeren · Answer 1

为了读取 .nc 文件，Iris 内部使用了你提到的相同的 netcdf4-python 库。

这意味着理论上你可以：

子类化 CFReader，覆盖它的 __init__ 方法，并将唯一的更改行改为 self._dataset = netCDF4.Dataset(self._filename, mode='r')
编写自己的 load_cube 函数（基于此代码），该函数将使用您自定义的 CFReader，或者您可以使用自定义的 CFReader 对 iris 进行 monkeypatch。

monkey-patching 的一般思路：

from urllib.request import urlopen

import iris.fileformats.cf
import netCDF4 as nc


def __patch_CFReader():
    if getattr(iris.fileformats.cf.CFReader, '_HACKY_PATCHED'):
        return

    from iris.fileformats.cf import CFReader

    class CustomCFReader(CFReader):
        _HACKY_PATCHED = True

        def __init__(self, uri, *args, **kwargs):
            # ... other code copied
            with urlopen(url) as stream:
                self._dataset = nc.Dataset('HadCRUT', memory=stream.read())
            # ... other code copied

    iris.fileformats.cf.CFReader = CustomCFReader


__patch_CFReader()

import iris
cube = iris.load_cube('https://crudata.uea.ac.uk/cru/data/temperature/HadCRUT.4.6.0.0.median.nc')

警告！根据您的项目中如何导入模块，猴子补丁可能不会像您最初想象的那样总是有效。因此，您可能应该使用一些专门设计用于猴子补丁的库，例如gorilla：

https://gorilla.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html

# my_patches.py:
from urllib.request import urlopen

import gorilla
import iris.fileformats.cf
import netCDF4 as nc

settings = gorilla.Settings(allow_hit=True)

@gorilla.patch(iris.fileformats.cf.CFReader, settings=settings)
def __init__(self, uri, *args, **kwargs):
    # ... other code copied
    with urlopen(url) as stream:
        self._dataset = nc.Dataset('HadCRUT', memory=stream.read())
    # ... other code copied

# earliest_imported_module.py:
import gorilla
import my_patches

for patch in gorilla.find_patches([my_patches]):
    gorilla.apply(patch)