无法在docker容器的crontab中运行R脚本

Question

我正在尝试在Docker容器内运行一个R脚本。以下是示例。

我的工作目录如下所示。

myRDocker
  -dockerfile
  -scripts
     -save_iris.R

在目录myRDocker中，有一个dockerfile和一个名为scripts的目录，其中包含一个R脚本save_iris.R。

我的R脚本save_iris.R如下：

write.csv(iris, '/data/iris.csv')

我的dockerfile如下：

# Install R version 3.6
FROM r-base:3.6.0

#install crontab
RUN apt-get update && apt-get -y install cron

RUN mkdir /data
COPY /scripts  /scripts

我进入了我的目录myRDocker并构建docker镜像。

docker build -t baser .

我在bash中运行Docker容器。

docker run -it baser bash

我进入容器后，进行了以下操作：

crontab -e

然后添加这一行，然后保存。

* * * * * Rscript /scripts/save_iris.R

应该每分钟将文件保存到文件夹/data中。然而，在容器内的data文件夹中我从未找到任何文件。

我的问题是：

1. 在上述过程中我做错了什么？感觉可能漏掉了什么，但是无法确定原因......

2. 如果我想在容器启动时运行计划任务应该怎么办。 （比如将计划任务放入一个文件中，并在容器启动时运行...）

- zesla

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也许在crontab下列出“RScript”的完整路径？您想在crontab中运行什么？安排保存鸢尾花似乎效率低下？您是否想要运行docker文件？ - NelsonGon

你可能会发现这个有用：https://dev59.com/XVoU5IYBdhLWcg3wcmq8 - NelsonGon

Answer 1

为什么不在容器运行时启动cronjob，而是在容器启动后运行？此外，我认为在您的情况下cron进程将不会运行，因为您的容器没有做任何事情。尝试这个，它将在容器运行时启动cron并且还会tail cron作业的日志。但请记住，在这种情况下，您的主要进程是“tail -f / var / log / cron.log”，而不是cron进程。

 FROM r-base:3.6.0

 RUN apt-get update &&  apt-get -y install cron

 RUN touch /var/log/cron.log
 COPY hello.r /hello.r
 RUN (crontab -l ; echo "* * * * * Rscript /hello.r  >> /var/log/cron.log") | crontab

# Run the command on container startup
 CMD cron && tail -f /var/log/cron.log

因此，您将在容器标准输出中获得Rscript控制台日志。

hello.r

print("Hello World from R")

- Adiii

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谢谢你的帮助！我尝试在Dockerfile中添加RUN cron，但它没有起作用。你的CMD cron可以正常工作。为什么RUN cron不能正常工作呢？ - zesla

RUN cron 只在 构建时间 运行，因此您需要一些在 运行时间 运行的东西。 - Adiii

在这种情况下，CMD cron或CMD /etc/init.d/cron start似乎无法在运行时启动cron。我需要进入容器中的bash并执行/etc/init.d/cron start，然后cron才能启动。你知道为什么吗？@Adiii - zesla

抱歉，我的意思是在我的情况下。如果您采用帖子中的dockerfile并添加命令行“cmd /etc/init.d/cron start”，构建镜像，在bash中运行容器。我检查过了。Cron没有启动。 - zesla

在bash中，'cmd /etc/init.d/cron start'将启动cron。在我的dockfile中，我应该在cmd后面放什么？我尝试了'cmd cron'，但不起作用。我不需要日志。 - zesla