OpenMP、R 和 MacOS

Question

当我尝试运行一个名为BTYDplus的软件包时，加载时出现以下警告：

This data.table install has not detected OpenMP support. It will work but slower in single threaded mode.

虽然可以在没有OpenMP的情况下运行，但速度非常慢，因此我尝试按照此教程安装OpenMP：http://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/，但我被卡在了实现“Enabling R to Compile Code with OpenMP on OS X”部分，特别是当我尝试运行vim ~/.R/Makevars/时，结果出现"~/.R/Makevars/" Illegal file name。

请问如何让R使用GCC？

- william

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“~ / .R / Makevars /” 将是一个文件夹，而不是一个文件。也许没有结尾处的“/”会更好？ - rosscova

"这让我感到惊讶。我仍在使用1.9.6版本，它不提供OpenMP支持，但速度远非缓慢。" - Roland

从Roland提供的链接中，我得到的印象是它可能不存在。如果不存在，你需要创建.R目录和其中的Makevars文件。 - william

@Roland 嗯，也许是因为我在马尔科夫链中使用了500个链条，所以速度很慢？ 我已经尝试按照您提供的链接上的说明进行操作，但没有成功。 - william

仍然很有趣去找出这里的问题。我按照@Roland在data.table GitHub上提到的指示进行操作，但在加载包时仍然收到相同的警告。 - altabq

Answer 1

如果您使用clang编译OpenMP代码，您将需要libomp库。我发现最简单的方法是通过homebrew安装brew install libomp。

- user9478968

Answer 2

尽管在Mac Sierra上更新clang（不确定较新版本的MacOS是否通过更新clang来解决此问题）可以使OpenMP编译工作，如在Mac OS X（Sierra）中启用clang的OpenMP支持，但也可以让Apple默认的clang工作。只需将以下内容添加到〜/ .R / Makevars中即可。

SHLIB_OPENMP_CFLAGS=-Xpreprocessor -fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=-Xpreprocessor -fopenmp

这是利用特殊的CXX/CFLAGS，在编译OpenMP包时应该使用的R软件包，并且

Apple Clang允许您使用-Xpreprocessor -fopenmp处理OpenMP编译指示，然后您可以手动链接到OpenMP库。

更多细节在这里。

- Andrew M