简短回答：
APT首选项文件/etc/apt/preferences可用于控制安装时选择的软件包版本。
这是文件/etc/apt/preferences，apt-get使用它来决定如果有多个版本的单个软件包，应选择哪个版本。通过这种方式，任何来自本地仓库的软件包都将优先于其他软件包。
Package: *
Pin: origin ""
Pin-Priority: 1001
这不会控制版本，而是控制源的优先级，如果两个软件包具有相同的版本。如果您需要为本地仓库中的相同软件包版本分配最高优先级，请将它们列在/etc/apt/sources.list文件的顶部。
对原问题的回答：
如何在不使用sources.list文件的情况下为本地仓库分配最高优先级？
没有办法在不使用sources.list文件的情况下为本地仓库分配最高优先级。如果您想为本地仓库分配最高优先级，必须将它们放在"sources.list"的顶部。
回答该问题的摘要：
如何让apt-get优先使用本地仓库中的软件包，而不是再次从官方仓库下载相同版本的软件包？本地仓库已经签名并受信任。我们已经尝试了apt偏好设置。
使用/etc/apt/sources.list文件，您需要将本地仓库行放在此文件的顶部。像下面这样。
deb cdrom:[Kubuntu 12.04 LTS _Precise Pangolin_ - Release i386 (20120424)]/ precise main restricted
deb file:/media/Main/Precise-Debs-New /
deb file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Precise /
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu precise main universe restricted multiverse
deb-src http://archive.ubuntu.com/ubuntu precise universe main multiverse restricted #Added by software-properties
# deb cdrom:[Xubuntu 12.04 LTS _Precise Pangolin_ - Release i386 (20120423.1)]/ precise main multiverse restricted universe
# deb cdrom:[Ubuntu 12.04 LTS _Precise Pangolin_ - Release i386 (20120423)]/ precise main restricted
# deb http://archive.canonical.com/ubuntu precise partner
# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu precise partner
# deb http://extras.ubuntu.com/ubuntu precise main
# deb-src http://extras.ubuntu.com/ubuntu precise main
而且，“apt_preference”与选择具有相同版本的软件包的“实例”无关。这里的重点是，您不能使用“/etc/apt/preference”文件来强制选择/使用来自本地存储库的.deb文件，并将最高优先级分配给本地存储库。该文件（preference）用于选择特定版本，而不是相同版本的特定实例（.deb文件）。对于后一种情况，您需要使用上述方法中提到的“/etc/apt/sources.list”文件。
解释：
看起来我们都误解了apt_preference的目的，apt_preference手册在前三段中对此进行了描述！
APT首选项文件/etc/apt/preferences可用于控制选择安装哪个版本的软件包。
当sources.list(5)文件包含对多个发行版（例如stable和testing）的引用时，可能有多个软件包版本可供安装。APT为每个可用版本分配一个优先级。在依赖约束的情况下，apt-get(8)会选择具有最高优先级的版本进行安装。APT首选项文件通过覆盖APT默认分配给软件包版本的优先级，从而使用户能够控制选择哪个版本进行安装。
而第三段非常重要
当sources.list(5)文件包含对多个源的引用时，可能会有同一版本的多个实例可用。在这种情况下，apt-get(8)会下载在sources.list(5)文件中最早列出的实例。APT首选项文件不影响实例的选择，只影响版本的选择。
这些斜体是我添加的
让我们通过一个例子来看看：
我有一个精确版本的compiz-fusion-plugins-extra，但为了演示，我已经禁用了它。
这里是文件/etc/apt/preferences，apt-get使用它来决定如果有多个版本的单个软件包，应该选择哪个版本。（在这个例子中，compiz-fusion-plugins-extra有几个版本。
Package: *
Pin: origin ""
Pin-Priority: 1001
这个文件告诉apt-get对于所有在不同仓库中存在多个版本的软件包，从本地仓库安装。
换句话说，如果我在我的本地仓库中有版本为1.0的软件包xapps，而且这个相同的软件包xapps在精确版本的仓库中有更高的版本，比如2.0，apt-get将优先选择本地仓库的版本，即版本1.0。
这是我的/etc/apt/sources.list文件
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu precise main universe restricted multiverse
deb-src http://archive.ubuntu.com/ubuntu precise universe main multiverse restricted #Added by software-properties
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu/ precise-security universe main multiverse restricted
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu precise-updates universe main multiverse restricted
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu precise-backports universe main multiverse restricted
# deb http://archive.canonical.com/ubuntu precise partner
#deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu precise partner
# deb http://extras.ubuntu.com/ubuntu precise main
# deb-src http://extras.ubuntu.com/ubuntu precise main
deb file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Oneiric / #this is oneiric repository.
deb file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/natty /
deb file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/kubuntu /
deb file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/natty_new /
尽管我在文件中早些时候列出了precise的存储库，但这并不会导致apt-get从该存储库选择软件包。正如手册中所述，
引用：
APT首选项文件不影响实例的选择，只影响版本的选择。
所以，命令
apt-cache policy compiz-fusion-plugins-extra的输出如下所示：
anwar@edubuntu-lenovo:/etc/apt$ apt-cache policy compiz-fusion-plugins-extra
compiz-fusion-plugins-extra:
已安装: (无)
候选版本: 0.9.5.94-0ubuntu1 / **选择较低版本作为优先级** /
版本表:
0.9.7.0~bzr9-0ubuntu6 0
500 http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise/universe i386 Packages
0.9.5.94-0ubuntu1 0
1001 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Oneiric/ Packages
0.9.4-0ubuntu3 0
1001 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/natty/ Packages
在这里，候选版本是
0.9.5.94-0ubuntu1（位于本地存储库中），而不是
0.9.7.0~bzr9-0ubuntu6 0，后者位于precise存储库中。尽管precise的版本在
sources.list文件中排在第一位。
一个示例运行的
apt-get尝试在将最高优先级设置为本地仓库后安装
compiz-fusion-plugins-extra。
anwar@edubuntu-lenovo:~$ sudo apt-get install compiz-fusion-plugins-extra
正在读取软件包列表... 完成
正在构建依赖关系树
正在读取状态信息... 完成
以下软件包是自动安装的，现在不再需要：
x11-apps x11-xfs-utils xinit x11-session-utils libfs6
使用 'apt-get autoremove' 命令来移除它们。
将会安装下列额外的软件包：
compiz-core compiz-plugins-default compiz-plugins-extra
compiz-plugins-main-default libdecoration0 xserver-xorg-core
xserver-xorg-video-intel
建议安装的软件包：
compizconfig-settings-manager xfonts-100dpi xfonts-75dpi
将会删除下列软件包：
compiz compiz-gnome compizconfig-backend-gconf edubuntu-desktop
libcompizconfig0 ubuntu-desktop unity xorg xserver-xorg
xserver-xorg-input-all xserver-xorg-input-evdev xserver-xorg-input-mouse
xserver-xorg-input-synaptics xserver-xorg-input-vmmouse
xserver-xorg-input-wacom xserver-xorg-video-all xserver-xorg-video-ati
xserver-xorg-video-cirrus xserver-xorg-video-fbdev xserver-xorg-video-geode
xserver-xorg-video-mach64 xserver-xorg-video-mga xserver-xorg-video-neomagic
xserver-xorg-video-nouveau xserver-xorg-video-openchrome
xserver-xorg-video-qxl xserver-xorg-video-r128 xserver-xorg-video-radeon
xserver-xorg-video-s3 xserver-xorg-video-savage
xserver-xorg-video-siliconmotion xserver-xorg-video-sis
xserver-xorg-video-sisusb xserver-xorg-video-tdfx xserver-xorg-video-trident
xserver-xorg-video-vesa xserver-xorg-video-vmware
将会安装下列新软件：
compiz-fusion-plugins-extra compiz-plugins-extra
以下软件包将会降级：
compiz-core compiz-plugins-default compiz-plugins-main-default
libdecoration0 xserver-xorg-core xserver-xorg-video-intel
升级了 0 个软件包，新安装了 2 个软件包，降级了 6 个软件包，移除了 37 个软件包，有 698 个软件包未被升级。
需要下载 0 B/5,772 kB 的归档文件。
在此操作之后，将释放 8,294 kB 的磁盘空间。
是否继续执行 [Y/n]?
奇怪！！！它正在尝试将已安装的precise compiz软件包降级以解决依赖关系（与Oneiric的匹配），并选择新的compiz-fusion-plugins-extra！！！
更危险的是，它正在尝试删除图形驱动程序包（xserver-xorg-....）以避免与新的compizes冲突。
（可能，如果我也在本地存储库中拥有它们，它们可能会安全地想要降级。但由于这些软件包通常已安装，我没有下载它们，因此不在本地存储库中，因此出现了这种结果）。
结论：因此，仅建议在本地系统中具有完整存储库的情况下使用/etc/apt/preferences。
如果许多存储库中存在相同版本的几个实例（.deb文件），该如何处理？
这是apt_preference手册所描述的。
引用：
当sources.list（5）文件包含对多个源的引用时，可能会提供相同版本的软件包的几个实例。在这种情况下，apt-get（8）会下载在sources.list（5）文件中最早列出的实例。
使用/etc/apt/preferences文件的用例示例：
一个强制使用自定义仓库中可用版本的示例是"Linux Mint"发行版。他们使用这个自定义的偏好文件。
Package: *
Pin: release o=linuxmint
Pin-Priority: 700
Package: *
Pin: origin packages.linuxmint.com
Pin-Priority: 700
Package: *
Pin: release o=Ubuntu
Pin-Priority: 500
这有效地使他们在他们的存储库中有这些软件包时提供软件包。但如果他们没有这些软件包，他们将使用Ubuntu的标准存储库。
在将本地存储库设置为最高优先级后运行apt-get的示例
我只是想在Ubuntu上安装kubuntu-desktop软件包来测试KDE。（我忘记了，我使用/etc/apt/preference文件设置了首选项）。我有一个kubuntu-12.04-alternate-installer的iso文件，所以我想可以使用它。
（在正确设置iso作为存储库源之后），我运行了
sudo apt-get install kubuntu-desktop，然后惊讶地看到下面的输出。
anwar@edubuntu-lenovo:~$ sudo apt-get install kubuntu-desktop
读取软件包列表... 完成
正在构建依赖关系树
读取状态信息... 完成
某些软件包无法安装。这可能意味着您提出了一个不可能的情况，或者如果您使用的是不稳定的发行版，则某些所需软件包尚未创建或已移出。
以下信息可能有助于解决问题：
以下软件包存在无法满足的依赖关系：
kubuntu-desktop：依赖于language-selector-kde，但将不会安装
建议安装amarok，但将不会安装
建议安装apturl-kde，但将不会安装
建议安装gdebi-kde，但将不会安装
建议安装gpgsm，但将不会安装
建议安装ibus-qt4，但将不会安装
建议安装jockey-kde，但将不会安装
建议安装kdegraphics-strigi-plugins，但将不会安装
建议安装kdepim-wizards，但将不会安装
建议安装kpackagekit，但将不会安装
建议安装libreoffice-kde，但将不会安装
建议安装libreoffice-style-oxygen，但将不会安装
建议安装network-manager-pptp-kde，但将不会安装
建议安装plasma-widget-facebook，但将不会安装
建议安装plasma-widget-kimpanel，但将不会安装
建议安装usb-creator-kde，但将不会安装
E: 无法纠正问题，您有损坏的软件包。
我对结果感到惊讶。突然我记起来，我在/etc/apt/preference中设置了一个偏好（用于编写这个答案），将最高优先级设置为我的本地仓库。
所以，我运行了apt-cache policy kubuntu-desktop命令，输出如下：
anwar@edubuntu-lenovo:~$ apt-cache policy kubuntu-desktop
kubuntu-desktop:
Installed: (none)
Candidate: 1.222.1kde47~ppa2
Version table:
1.254 0
500 cdrom://Kubuntu 12.04 LTS _Precise Pangolin_ - Release i386 (20120424)/ precise/main i386 Packages
500 http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise/main i386 Packages
1.222.1kde47~ppa2 0
1001 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/natty/ Packages
1.222.1 0
1001 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/natty/ Packages
1.222 0
1001 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/kubuntu/ Packages
在这个输出中，我们可以看到"cdrom"和"precise main repository"都有版本号
1.254，而本地仓库的版本是
1.222.1kde47~ppa2，比较低。尽管它们在sources.list文件中位于本地版本之前，但本地软件包具有优先权。
为了明确地看到
apt-get确实尝试从本地安装，我运行了
synaptic并得到了以下结果，显示Apt系统将
1.222.1kde47~ppa2作为要安装的候选版本。
此外，
apt-cache policy kubuntu-desktop也显示相同的内容。
anwar@edubuntu-lenovo:~$ apt-cache policy kubuntu-desktop
kubuntu-desktop:
已安装：（无）
候选版本：1.222.1kde47~ppa2
版本表：
1.254 0
500 cdrom://Kubuntu 12.04 LTS _Precise Pangolin_ - Release i386 (20120424)/ precise/main i386 Packages
500 http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise/main i386 Packages
1.222.1kde47~ppa2 0
1001 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/natty/ Packages
1.222.1 0
1001 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/natty/ Packages
1.222 0
1001 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/kubuntu/ Packages
为了解决这个问题，我通过sudo rm /etc/apt/preference删除了/etc/apt/preference文件。
然后再次运行apt-cache policy kubuntu-desktop，只看到了预期的输出。
anwar@edubuntu-lenovo:~$ sudo rm /etc/apt/preferences
anwar@edubuntu-lenovo:~$ sudo apt-cache policy kubuntu-desktop
kubuntu-desktop:
已安装: (无)
候选版本: 1.254
版本表:
1.254 0
500 cdrom://Kubuntu 12.04 LTS _Precise Pangolin_ - Release i386 (20120424)/ precise/main i386 Packages
500 http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise/main i386 Packages
1.222.1kde47~ppa2 0
500 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/natty/ Packages
1.222.1 0
500 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/natty/ Packages
1.222 0
500 file:/media/Main/Linux-Software/Ubuntu/Natty/kubuntu/ Packages
还运行了以下命令：sudo apt-get install kubuntu-desktop，输出如下：
0 升级，213 新安装，0 删除和150 未升级。
需要获取 0 B/89.6 MB 的存档。
执行此操作后，将使用额外的 269 MB 磁盘空间。
您是否要继续 [Y/n]？
您可以在
此处查看完整结果。
然后我对解释部分非常确定。
参考文献1：apt_preference手册
参考文献2：如何保留特定版本的软件包安装
apt-get命令进行了验证。它显示"需要下载0 kb"。 - Anwarapt-cache policy来验证一下吗？ - tumbleweedapt-cache policy进行了验证，并且看到本地仓库具有更高的优先级。但是apt-get仍然试图从互联网上安装它。我认为如果不使用sources.list文件，这是不可能的。 - Anwarapt-cache policy是否显示版本相同。 - tumbleweedapt-cache show package-name，是的，它显示相同的版本。apt-cache policy不显示版本号。 - Anwarapt-cache policy $packagename的完整输出结果。 - tumbleweed