成功运行一个程序需要三个要素相匹配：
- CPU指令集（例如，你的PC上的x86，你的手机上的ARM，一些苹果Mac上的PowerPC，Java Applets的Java字节码，".Net"/Mono应用程序的CLI）
- 二进制文件格式（例如，Microsoft Windows的PE/COFF ".exe"，Java Applets的.jar，Unix/Linux上的PE32 ".exe"，ELF）
- 应用程序编程接口（例如，Linux/Unix上的POSIX，Mac OSX上的Cocoa，Microsoft Windows上的Win32，".Net"/Mono应用程序的基类库）
通过拥有模拟器/解释器（用于其他CPU指令集），额外的文件加载器（用于外部文件格式）以及提供更多API的附加编程库，可以增加匹配所有三个要素的机会。
注意，一些处理器可以本地执行多个指令集；一个个人电脑通常具有x86和amd64指令集；ARM处理器可以执行四个指令集：ARM32/Thumb/Java字节码/ThumbEE。一些操作系统也可以本地提供多个API（Microsoft Windows提供Win32和POSIX）。
对于其他所有需求，您需要额外的软件。要运行Java程序，您需要上述三个部分才能使其正常工作：一个Java虚拟机程序来运行字节码；一种启动Java程序的方式，以及一个Java类库供程序调用。在这里，“Java”是Sun最初开发的几个独立技术的品牌名称，但对用户来说，它们通常作为一个整体下载。
同样适用于“.Net”，这是微软最初开发的几种不同技术的市场品牌名称：公共语言运行时/基础类库（CLR）是API；VES是加载器，公共语言接口（CLI）是指令集。
你不必因为它们最初发明了某些技术，就非得从微软、Sun或英特尔下载这些技术。AMD制造与英特尔标准兼容的处理器；Apache（“Harmony”）和Google（“Android Dalvik”）都提供类似Java的套件；而Mono则提供CLR/CLI/VES套件。重要的是每个人都使用相同的标准，使它们兼容。符合标准的DVD光盘可以在任何DVD播放机上播放，符合HTML标准的网页可以在任何支持HTML标准的浏览器中渲染。
- Mono是一个可以在Mac OSX、MS Windows和Linux上运行的CLR/CLI/VES套件。
- Wine是一个可以在Mac OSX、MS Windows和Linux上运行的Win32 API实现。
- 你可以在任何操作系统上运行Mono，甚至可以在Wine之上运行。
- 你可以在任何CPU架构之上运行Wine，甚至可以在Qemu之上运行。
所以Mono使CLR .exe应用程序运行，而Wine使Win32 .exe应用程序运行。唯一的共同点是文件名以".exe"结尾；内容完全不同且不兼容，因此你需要正确的那个。
就像Python解释器在面对Perl时会出错（反之亦然），CLR解释器在面对x86+Win32或JVM+Java字节码时也会出错。如果你能提供要运行的特定程序的链接，我或其他人应该可以告诉你它设计用于的确切指令集、文件格式和API，以及你需要在Linux上安装什么才能运行它。希望这有所帮助！
（有时你甚至可能两者都需要。例如，Openbve列车模拟器使用C#编写，并编译为PE/COFF+CLI+CLR，但可以选择使用针对PE/COFF+Win32+x86编译的C二进制插件。在这种情况下，你需要在Wine中使用Win32版本的Mono。如果CPU架构也不同，那就需要进行仿真；因此需要在Qemu中使用Wine下的Mono）。
file *.exe将显示有关CPU指令集和文件类型的信息。如果它是一个同时使用本地Win32 API调用的CLI/CLR（".Net"/Mono）应用程序，您需要运行它或查找任何显示为本地x86+Win32的file *.dll文件。 - sladen