有没有类似于PyCogent的Java（或Scala）库？

Question

有没有类似于PyCogent的Java（或Scala）库？

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我正在编写一个生物进化模拟器。目前，我的所有代码都是用Python编写的。大部分情况下，这很好，一切都运行得足够顺利。然而，在此过程中有两个步骤需要很长时间，我想用Scala重新编写它们。

第一个问题区域是序列进化。想象一下，你得到了一个关系了众多蛋白质的系统树。每个分支的长度表示父节点和子节点之间的进化距离。树的根以单个序列为种子，然后使用进化模型（例如http://en.wikipedia.org/wiki/Models_of_DNA_evolution）沿着树结构演化序列；考虑到分支长度。PyCogent在执行此步骤时需要很长时间，我相信合理的Java/Scala实现将更快。您知道实现此类功能的任何库吗？我想用Scala编写应用程序，因此由于互操作性，任何Java库都可以胜任。

第二个问题是生成序列的比较。问题是，给定一组不同现存物种蛋白质的序列，尝试使用这些序列来重构关联物种的系统发育树。这个问题本质上需要进行所有现存物种序列之间的成对比较，因此在计算上要求很高。然而，在这里，如果仅仅是由于Python中循环速度缓慢的不幸情况下，我认为Java/Scala实现会比Python实现快得多。这部分我可以更容易地从头开始编写，但如果存在好的库，我也愿意使用它。谢谢，Rob

- nomad

在这里提问：http://biostar.stackexchange.com/ - dalloliogm

谢谢，我已经在那里发布了，并且已经得到了答案！ - nomad

1个回答

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原文链接

- pyvi · Answer 1

针对第二个问题，为什么不利用现有的序列比对和推断进化树的程序，比如RAxML或MrBayes来解决呢？最大似然和贝叶斯推断是这些问题的非常复杂的模型，使用它们似乎比自己实现更好 - 诸如最大简约法或邻接法树这样的东西，可能需要从头开始编写，对于进化分析来说是不足够的。除非你只想要一个非常快速但不准确的拓扑结构（通过MP或NJ推断的树经常是错误的），在这种情况下可以尝试使用this之类的工具。