logo标签列表

R中的大协方差矩阵

rcovariance
7
从基因表达数据（40000个基因（变量）x 30个观测值）中，我想创建一个40000 x 40000的协方差矩阵。这肯定比我的RAM大。使用“ff”包，我成功地预先分配了一个40000x40000的空矩阵用于相关性计算。然而，“cov”或“cor”函数只能在我的系统上处理5000x5000的协方差矩阵，因此我必须进行分块1:5000、5001:10000等协方差计算，并沿对角线填充预分配的矩阵。有人知道一种算法来填补矩阵中的“缺失区域”，即1和22000之间的协方差（或相关性）。我知道我可以做所有成对组合，并逐个填写矩阵，但是'cor'非常快...那么，是否有一种方法可以使用已经计算出的协方差来计算1/22000的cov（或cor）呢？谢谢！
1个回答
1
你可以使用带有 2 个参数的 cov 函数计算非对角线块。 
cov( x[,1:5000], x[,5001:10000] )
1
我觉得这个问题是关于相关矩阵的，而你的回答是关于相关系数的。这些概念是相关的，但不同的。 - Ricardo Magalhães Cruz
Andrej将这个想法转化为一个代码片段，以处理大矩阵。 - Tapper
网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的
可以查看英文原文，